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L'opera più importante di Bacone è il Novum Organum del 1620, essa introduce la nuova metodologia. Il titolo del progetto iniziale doveva essere Instauratio Magna un'enciclopedia del sapere, in cui si analizzavano i vari campi del sapere umano, diviso in tre settori (storia, poesia, filosofia), ognuno che faceva capo ad una facoltà (memoria, fantasia, ragione). Quest'opera richiama l'Organon di Aristotele, che era l'insieme degli scritti di logica; questa si occupa del ragionamento e non è una scienza a sè stante ma è strumento di tutte (teoriche, pratiche, poetiche). La logica aristotelica si fondava sul sillogismo*.
Bacone quindi, critica il metodo aristotelico, secondo lui il metodo sillogistico-deduttivo non serviva a conoscere e dominare la natura, ma semplicemente ad avere la meglio nelle dispute verbali, cioè serviva ad espugnare l'avversario. Mentre il nuovo metodo serve ad espugnare la natura ed è il metodo sperimentale-induttivo. Prima di applicare il metodo, però, occorre fare un operazione preliminare: eliminare tutti i pregiudizi sulla natura. Questi sono chiamati anche anticipazioni, in quanto il pregiudizio è un giudizio affrettato che condiziona il nostro modo di pensare. Per Bacone, ne esistono quattro tipi che chiama 'idola' (lett. fantasmi):

- I primi due sono pregiudizi naturali, ovvero li abbiamo in quanto uomini e sono quelli più difficili da eliminare:
1) Idola tribus: 'pregiudizi della tribù'. Tribù intesa come insieme di uomini, cioè l'umanità. Tutti gli uomini li possiedono fin dalla nascita, sono universali ed innati e sono anche quelli legati ai nostri sensi.
2) Idola specus: 'pregiudizi della caverna'. Ogni uomo possiede una caverna dentro di sè che deforma la realtà e si forma in base all'esperienza, ai casi, all'educazione. Sono individuali e differenti. (Caverna=apparenza; Esterno=realtà)
- Gli ultimi due sono pregiudizi artificiali, ovvero derivano dalla vita sociale, dal rapporto con gli altri uomini:
3) Idola fori: 'pregiudizi della piazza'. Piazza intesa come luogo d'incontro. Derivano dalla parola e dal linguaggio. In quanto alcune parole sono ambigue e poca chiare e il linguaggio è utilizzato per avere ragione, ingannare, nascondere.
4) Idola theatri: 'pregiudizi del teatro'. Teatro inteso come finzione. Sono legati alle false filosofie e alle false dottrine,perchè ingannano gli uomini e spesso vengono considerate come un dogma indiscutibile.

Secondo Bacone, la verità non consiste nell'autorità ma è 'philia temporis' (figlia del tempo), cioè si acquisisce nel tempo con l'esperienza e non è data da nessuna autorità. [Es. Vecchio più saggio rispetto a un giovane, perchè ha più esperienza dovuta al tempo]

Il metodo di Bacone, sperimentale-induttivo, è anche un metodo classificatorio usato quotidianamente:
- Analisi e osservazione di dati particolari;
- Confronto (metodo comparativo);
- Classificazione per gradi nelle tavole (categorie) in base alle caratteristiche comuni o differenti fra i fenomeni analizzati.

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