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I microrganismi patogeni rilasciano sostanze tossiche cge provocano una reazione sistemica la cui caratteristica principale è la febbre che permette la fagocitosi e inibisce la proliferazione degli agenti patogeni. In casi estremi la risposta infiammatoria può causare shock settico e il TNF agisce contro le cellule tumorali e stimola l'attività fagocitaria e provoca appetito,febbre e vasodilatazione. A volte la risposta infiammatoria non è sufficiente a bloccare l'attacco degli agenti patogeni e interviene il terzo livello di difesa che è la reazione immunitaria specifica. Questa si basa sul riconoscimento dell'agente patogeno e sull'attivazione di una strategia di attacco specifica. Gli organi implicati sono gli organi linfoidi come il midollo osseo,il sistema linfatico,il timo,la milza,le tonsille,le adenoidi e l'appendice. In esse stazionano i linfociti che sono di tipo B che si formano nel midollo osseo e i linfociti T che si formano nel midollo osseo ma maturano nel timo. Entrambi riconoscono ld molecole presenti nell'ambiente dette antigeni. Con questo termine si indica una molecola in grado di scatenare una risposta immunitaria. Esistono degli antigeni di superficie differenti per ogni persona e si tratta di glicoproteine codificate da una zona del DNA detta Complesso Maggiore di Istocompatibilità e chiamate proteine MHC che è costituito da un gruppo di 11 geni codominanti e un elevato grado di polimorfismo. Grazie all'elevata specificità dei marcatori MHC il sistema immunitario distingue tra le cellule del proprio corpo (self) e cellule estranee (not-self).Il riconoscimento di un antigene estraneo avviene grazie a specifici recettori per gli antigeni situati sulla membrana dei linfociti B e T. Successivamente si mettono in atto due tipi di risposta immunitaria:la risposta umorale e la risposta cellulare.

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