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La struttura funzionale di un ecosistema è costituita dai livelli trofici dei produttori, dei consumatori e dei decompositori. Ogni collocazione di ciascun organismo viene chiamata nicchia trofica. Il numero di individui di una specie che un ecosistema può contenere è detto capacità portante. Questo numero di organismi cresce fino a un certo punto e poi rimane stabile nel tempo, ed è mantenuto costante dal rapporto preda-predatore.
Quando si studia una piramide alimentare, si parla di biomassa: la biomassa è la quantità in peso dell'insieme degli individui che vivono in un dato spazio e in un dato momento. La biomassa prodotta dall’energia solare viene detta produttività di un ecosistema. Si hanno due tipi di produttività: quella primaria, che misura la quantità di biomassa prodotta dagli essere autotrofi, e quella secondaria, formata dalla quantità di biomassa prodotta dai consumatori e dai disintegratori. La produttività va diminuendo via via che si sale lungo la piramide alimentare.

Il “motore termodinamico” di un ecosistema e dato dalla biodiversità biologica. Esistono varie diversità, come quella genetica e quella a livello di comunità. Un elemento importante è anche la ridondanza, cioè la presenza di più elementi adibiti alle stesse funzioni.
In sintesi, si può dire che la funzione di un ecosistema è quella di mantenere costante il livello di energia, mantenendo una condizione di bassa entropia, grazie al continuo riciclo della materia organica e al passaggio dell’energia attraverso i diversi livelli, detti livelli trofici.

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