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Una volta avvenuta la penetrazione, l’agente fitopatogeno stabilisce il contatto con l’ospite e inizia così l’infezione: il parassita durante questa fase si nutre a spese dell’ospite. In molti casi i sintomi non compaiono immediatamente, ma dopo un certo intervallo. Il periodo che intercorre tra l’avvenuta infezione e la comparsa dei primi sintomi si chiama incubazione; la sua durata dipende da diversi fattori, come la virulenza del parassita, la sensibilità e lo stadio di sviluppo dell’ospite, le condizioni ambientali. Alle prime fasi dell’infezione segue spesso un periodo di accrescimento in dimensioni del corpo dell’agente fitopatogeno, chiamato invasione, che può essere superficiale, come nel caso dell’oidio, sottocuticolatore, o vascolare; tale crescita infine può avvenire in modo localizzato, cioè limitato ad alcuni organi della pianta, oppure sistemico, ossia generalizzato a tutta la pianta. A un certo punto del ciclo vitale dell’agente fitopatogeno si verifica la moltiplicazione: questa può avvenire per via agamica, per mezzo di conidi, o per via gamica, a seconda della specie. La disseminazione del patogeno, cioè la sua diffusione nell’ambiente, viene effettuata da numerosi agenti: vento, insetti o nematodi vettori, semi e altri materiali di propagazione infetti, irrigazioni, mani o attrezzi dagli operatori. Molti agenti fitopatogeni, soprattutto parassiti obbligati e facoltativi, sono in grado di sopravvivere al di fuori della pianta ospite nelle stagioni meno propizie. Questa fase viene chiamata ibernazione o estivazione, a seconda che avvenga rispettivamente d’inverno o d’estate. Durante questa fase il patogeno sopravvive grazie alla formazione di forme di resistenza, come clamidospore, corpi fruttiferi, sclerozi, micelio quiescente, che resistono alle condizioni avverse sulla superficie del terreno o al di sotto di essa, all’interno delle radici, di cancri al fusto o di residui di coltivazione oppure su ospiti alternativi, nel materiale di propagazione e infine nei vettori. Il tipo e l’entità dei danni causati dagli agenti fitopatogeni dipende in primo luogo dal rapporto tra la loro virulenza e la resistenza dell’ospite. La modalità di infezione e i sintomi da essa provocati sono differenti a seconda del quadro sintomatologico di riferimento. Nelle crittogame sono compresi, oltre ad agenti fitopatogeni, anche organismi utili, come il Bacillus thuringiensis, utilizzato nel controllo biologico di diversi insetti fitofagi.

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