Controllo epigenetico dell'espressione genica - Appunti

MACCHINARIO TRASCRIZIONALE

INTERAZIONE TRA FATTORI PROTEICI E DNA IN MANIERA SEQUENZA-SPECIFICA

ACCESSO AL DNA NON DIRETTO: ORGANIZZAZIONE IN CROMATINA TALE STRUTTURA COMPATTA VIENE SPESSO MODIFICATA PER RENDERE ACCESSIBILE INFORMAZIONE = RIMODELLATORI DELLA CROMATINA, BASE SU UN CAMBIAMENTO DELL'ORGANIZZAZIONE DEGLI ISOTONI (MODIFICHE × SPAZIAMENTO/POSIZIONAMENTO) RIMODELLATORI CONSENTONO ACCESSO IN REGIONI SPECIFICHE

3 COMPONENTI PRINCIPALI CHE VENGONO ALTERATI 1) MODIFICAZIONE NEL DNA: ALTERAZIONE DI SPECIFICHE BASI (CITOSINA) 2) MODIFICAZIONI NELLA CROMATINA 3) REMODELING MACHINES

PRINCIPALI COMPONENTI DELLA REGOLAZIONE EPIGENETICA + EVENTUALE INTERVENTO RNA NON CODIFICANTE

MODIFICAZIONI DEL DNA

METAIZZAZIONE DNA

• CONSISTE NELL'AGGIUNTA DI UN METILE AL 5' NUCLEO DI CITOSINA => 5'-METILCITOSINA METILE È UN MARCATORE RICONOSCIUTO DA VARI ELEMENTI, MODIFICA AVVINGERE GRAZIE ALLE DNA-METIL-TRANSFERASI
• DISOSTRUZIONE METILAZIONE SU UNA NON È UNIFORME = SEQUENZE RIPETUTE SONO SOLITAMENTE IPERMETILATE (LE MINIATURA RIPETUTE HANNO METILAZIONE VARIABILE) LE SEQUENZE UNICHE HANNO GENERALMENTE SCARSA METILAZIONE, MA HANNO UN RUOLO DI METILAZIONE NEL PIANO DEL LIVELLO DI ESPRESSIONE (GENI INATTIVI HANNO PROMOTORI NON METILATI REGIONI CODIFICANTI PRESENTANO PROMOTORI METILATI)

• DISTRIBUZIONE DNA METILATO IN EUCARIOTI NON È UNIFORME 80% DELLA METILAZIONE DEL DNA È A CARICO DI CITOSINE RAGGRUPPATE IN REGIONI NOTE COME CPG ISLANDS = GENI SOSTITUTIVI HANNO UN ELEVATO TASSO DI METILAZIONE CON SCARSA PRESENZA DI CPG ISLANDS. GENI RICCHI DI CPG SONO → CPG ISLANDS SONO SEQUENZE DI 200 BP CON >50% DI C-G

VARIAZIONI METILAZIONE CARICO DEI PROMOTORI DEI GENI LA CUI ESPRESSIONE È INDUCIBILE MENO RAPPRESENTA SLEVICE/NAMANDO NEL GENE. SE CPG ISLANDS → PR occasionalmente deposizione etc. → REGOLASO NEGATIVAMENTE ESPRESSIONE GENICA (TRAMITE IMPEAVALIZIPISIR)

• DIVERSI EFFETTI = LE REGIONI CODIFICANTI METILATA HANNA PADRO DRAIARIDE → TRASPOSONI: METILAZIONE TRANSFERESE TRANAMNETOLE MOTE DI PREVENIRE FENOMENI→ SUPPRESSIONE SOTTOMATTA TRANSPOSUN NEL REGOLARE ESPRESSIONE = MAGGIORE STABILITÀ ALLA REGIONE = METILAZIONE PROMOTORI ≈ CROMATINAT EMI

LA TRANSIZIONE C => T È FORTEMENTE FAVORITA NELLA MEMEMINAZIONE = TALE EVENTO È MOLTO DISCUMUNALST EH PRESENTI GENI CODIFICANTI IMPORTANTI, PUÒ PORTARE AD UN ACCUMULO MUTAZIONE CHE L'ANONUCINI CANSONOINI

STUDIANDO DISTRIBUZIONE DI METILAZIONE, SI È VISTO CHE REGIONI SECONONEPSI PRESENTANO 2 GS DI METILAZIONE ALLE VOLTE PRESENTI (I REGOLARE SPLPISIONG ALTTERNATIVE) MINI POLITICHE E STATO VISTO CHE SONO SOGGETTO A SPLICING ALTERNATIVO SONO DIFFERENTEMENTE METILATE A CUNIVOSTRA. LE...... DELLE SITCOM DENUDIAL DAL POLIMERASI DEMEMOTITI INTENIVENTONO METILAZIONE SCARITÀ DI REGIONI NAMENIALIN INFLUENZANDO IN MODO POSITIVO E NEGATIVO LA DISPONIBILITÀ DELLA SEQUENZA

UNA SERIE DI FATTORI TRASCRIZIONE POSSONO ESSERE INIBITI DALLA PRESENZA DI DNA METILATO, ESEMPI => RXR/RXT e MYC, MECP ECF NF-KB)

MACCHINARIO TRASCRIZIONALE

INTERAZIONE TRA FATTORI PROTEICI E DNA IN MANIERA SEQUENZA-SPECIFICA

• ACCESSO AL DNA NON DIRETTO: ORGANIZZAZIONE IN CROMATINA
• TALE STRUTTURA COMPATTA VIENE SPESSO MODIFICATA PER RENDERE ACCESSIBILE INFORMAZIONE. RIMODELLAMENTO DELLA CROMATINA È BASA SU UN CAMBIAMENTO DELL'ORGANIZZAZIONE DEGLI ISOTONI (MODIFICHE DI SPAZIAMENTO/POSIZIONAMENTO). RIMODELLATORI CONSENTONO ACCESSO IN REGIONI SPECIFICHE.

3 COMPONENTI PRINCIPALI CHE VENGONO ALTERATI

1. MODIFICAZIONE DEL DNA: ALTERAZIONI DI SPECIFICHE BASI (CITOSINA)
2. MODIFICAZIONI NELLA CROMATINA
3. REMODELING MACHINES

PRINCIPALI COMPONENTI DELLA REGOLAZIONE EPIGENETICA + EVENTUALE INTERVENTO RNA NON CODIFICANTE

MODIFICAZIONI DEL DNA

METILAZIONE DNA

• CONSISTE NELL'AGGIUNTA DI UN METILE AL 5' SULLA CITOSINA → 5’-METILCITOSINA
• METILE È UN MARCATORE RICONOSCIUTO DA VARI ELEMENTI, MODIFICA AVVIENE GRAZIE ALLE DNA-METIL-TRASFERASI
• DEMOSSI-METICRON → PRECURSORE METIMETANTE

• DISTRIBUZIONE METILAZIONE SU DNA NON È UNIFORME → SEQUENZE RIPETUTE SONO SOLITAMENTE IPERMETILATE (E MEGLIARE RIPETUTE HANNO METILAZIONE VARIABILE, LE SEQUENZE UNICHE NON HANNO Generalizzazione I MODERATO, MA AL 90% LA METILAZIONE NON
  1. DISTRIBUZIONE DNA NETTATO IN EUCRITI NON È UNIFORME 80% DELLA METILAZIONE DEL DNA È A CARICO DI CITOSINE RAGGRUPPATE IN REGIONI NOTE COME CPG ISLANDS → GENI SOSTITUTIVI HANNO UN FORTE TASSO DI METILAZIONE CON SCARSA PRESENZA DI CPG ISLANDS → GENI RICCHI DI CPG
  2. CPG ISLANDS SONO SEQUENZE DI 200 BP CON >50% DI C: G

• VARIAZIONI METILAZIONE CARICO DEL PROMOTORI DEI GENI LA CUI ESPRESSIONE È INDUCIBILE MENO RAPPRESENTA SILENZIAZIONE MA DEL GENE SPECIFICAMENTE I CPG ISLANDS O METILATACHI SONO LEGATIA REGOLASO E N. NEGATIVAMENTE ESPRESSO GENNA TRAMITE IPERMETILAZIONE
• DIVERSI EFFETTI SE LE REGIONI CODIFICANTI METILATA RNA POLIMIVASI → RETROTRASPOSSONI AVVIALIZZANO METILATA, SEQUENZE P