Analisi delle diagnosi e delle variabili genetiche nel contesto SARS-CoV-2

Linee guida e diagnosi

Per effettuare una diagnosi devono essere seguite le linee guida dell'Organizzazione Mondiale della Sanità. Il professore esprime un giudizio su di esse ritenendole forse un po' ''datate'' poiché sono in vigore dal 11 settembre 2020 ma ogni giorno vengono pubblicati centinaia di articoli in merito a questo virus.

Metodi di test e sensibilità

Per fare diagnosi di SARS-CoV-2 bisogna fare un tampone in naso e orofaringe (il professore sottolinea entrambi), lo si inserisce in un contenitore di trasporto e lo si porta in laboratorio dove viene effettuato un test di biologia molecolare, il NAAT (Nucleic Acid Amplification Test) che consiste nella amplificazione del genoma virale, dimostrando che l'individuo è infetto.

Il professore aggiunge che una tecnica alternativa per il tampone è il campione di saliva, che tuttavia non può essere usata perché non ufficialmente riconosciuta dal nostro governo. Infatti, secondo il CDC ovvero Center for Disease Control and Prevention il test salivare è inserito tra i sistemi per il tampone valido al pari di quello nasofaringeo e orofaringeo. Per il test salivare si usa un dispositivo di raccolta della saliva che è un tamponcino che si mastica per circa due minuti e che poi si inserisce in un contenitore che viene portato ad un laboratorio dove viene centrifugato e su cui si effettua un'analisi del genoma virale.

Ha dei pro e dei contro poiché rispetto ad un tampone nasofaringeo è più sensibile per la diagnosi dei pazienti asintomatici ma meno per quella dei sintomatici.

Problemi di sensibilità dei tamponi

In ogni caso il problema sia del tampone salivare, che di quello nasofaringeo, è che possiedono una percentuale di identificazione dei soggetti positivi che non è del 100%. Quello orofaringeo arriva al 40% mentre quello nasofaringeo al 60% e se sommati si arriva circa all'80% di sensibilità.

La probabilità (P) facendo il tampone nasofaringeo che una persona infetta risulti positiva al test è diversa a seconda del numero di volte che viene effettuato il tampone stesso. La prima volta P è dell’86% e questo significa che il 14% di soggetti sono falsi negativi. Al secondo tampone si arriva al 93% di sensibilità, al terzo al 98% di sensibilità. Questo ci ricorda che non esiste test di laboratorio che ci dia certezza al 100% su un risultato. In questo caso la certezza matematica che l'infetto sia positivo si ha al sesto tampone.

Falsi negativi e studio Colgate

Una delle ipotesi sul perché il risultato di un tampone di un soggetto infetto potrebbe essere un falso negativo ci viene dimostrato da uno studio compiuto dall'azienda Colgate. La compagnia ha osservato che i pazienti positivi che utilizzano dentifricio contente zinco o stagno e collutorio con cetylpyidinuim chloride (il professore riferisce che non è importante ricordarsi questi nomi) dopo 2 minuti e 30 sec il 99% aveva azzerata la carica virale nel sistema orofaringeo. Questi individui facendo il tampone risulterebbero negativi.

I geni del virus sono 12/13 e i target da amplificare per compiere il test PCR devono essere almeno 2, possibilmente 3.

Polimorfismi e predisposizione genetica

La ricerca si è basata sullo studio del genoma di soggetti che sviluppavano una forma grave della malattia da SARS-CoV-2 e sulle differenze nei polimorfismi tra questi e chi non presentava tale situazione. Sono così stati rilevati dei polimorfismi a livello del recettore che determinano una minore adesione del virus o addirittura la impediscono.

Questo tipo di polimorfismo è presente anche per altri virus, come l'HIV, dove il recettore presente sui linfociti T può essere modificato e per questo il virus lo ''aggancia'' con più o meno forza; di conseguenza in seguito a contatto con questo virus alcuni individui sono più o meno predisposti all'infezione. Altri polimorfismi per SARS-CoV-2 riguardano anomalie genetiche nella trasmissione del segnale intracellulare e polimorfismi su chemochine e interleuchine quali IL-6, IL-4 e IL-10. Da questo studio comprendiamo che vi sono soggetti che hanno alterazioni genetiche che li portano ad avere delle reazioni infiammatorie spropositate.