Meccanismi di regolazione e degradazione del DNA e mRNA

Regolazione della trascrizione

Nelle regioni eucromatiche potenzialmente trascrivibili la trascrizione è controllata da fattori di regolazione che interagiscono con i promotori e altre sequenze regolative poste a monte dei vari geni. Molti di questi regolatori sono tessuto specifici, si trovano cioè in combinazioni diverse nei diversi tessuti. Questi fattori sono tutti DNA binding proteins che hanno siti di legame che permettono loro di interagire con il DNA e di legarvisi in regioni specifiche a seconda del diverso sito di legame.

Interazione proteina-DNA

Una proteina si può legare transitoriamente al DNA grazie alla possibilità di stabilire legami con la struttura del DNA nativo, a doppia elica: il riconoscimento delle sequenze nucleotidiche specifiche infatti avviene senza che la doppia elica si apra, visto che le coppie di basi possono essere riconosciute anche dall'esterno dato che i bordi delle coppie possono essere letti senza la necessità di aprire la doppia elica; le DNA binding proteins riconoscono le sequenze specifiche e con loro intraprendono legami per lo più ad idrogeno.

Degradazione dell'mRNA

La degradazione dell’mRNA ha come punto di inizio l'eliminazione delle code di poli A da deadenilasi specifiche che lo rendono instabile; la degradazione continua con l’eliminazione del cap a 5': tutto ciò destina un mRNA ad essere rapidamente degradato dalle RNAsi.