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Sequenze consenso


Ci sono due strutture, chiamate sequenze consenso: -35 e -10 (Pribnow box). Indicano quanti nucleotidi di distanza hanno dal promotore, in cui si aggancia l’RNA polimerasi. Le sequenze consenso presentano successioni di nucleotidi quasi fisse, a blocchi.
Essi hanno delle sequenze ben precise che servono come aggancio per la RNA polimerasi. Ogni proteina ha delle sequenze specifiche, riconosciute da specifiche RNA polimerasi. Questo sistema è necessario per una corretta espressione dei geni. C’è un blocco più comune TATAAT (-10) e TTGACAT (-35). Non sono sempre le stesse e danno un’informazione; in quel settore deve avvenire un certo processo e non un altro. Le sequenze consenso sono dei fattori di specificità formati da nucleotidi. C’è anche un fattore di specificità nell’RNA polimerasi che si aggancia a queste sequenze consenso. Questi fattori si chiamano fattori sigma ed hanno delle indicazioni che servono a distinguere dei fattori di specificità per dei geni con funzioni differenti. Variano le sequenze consenso, varia di conseguenza il fattore sigma e l’RNA polimerasi che si aggancia è quella fatta per le sequenze consenso. Un certo RNA polimerasi se non ha una sequenza consenso non si aggancia.
I fattori di specificità determinano la direzione che deve prendere l’espressione genica (repressori e attivatori). Ci sono regolatori in cis e in trans.
Le proteine sono fatte per reagire in modo specifico col DNA. Per il fatto che esistono i regolatori in trans, sappiamo che le proteine reagiscono con il DNA in modo molto specifico. Il DNA ha due scanalature (solco maggiore e solco minore); queste strutture reagiscono in modo diverso con solco maggiore o minore. L’elica si piega soprattutto dove c’è la prolina, un amminoacido che non ha il gruppo R indipendente dal gruppo amminico. Questo proibisce alla prolina di formare legami idrogeno. La prolina è chiamata imminoacido. Qui la catena polipeptidica si piega su sé stessa e torna indietro. I motivi elica e ripiegamento a elica dà forma ai domini delle proteine (struttura che permette alla proteina di andarsi ad incastrare con il ripiegamento della doppia elica in maniera caratteristica). Le dita di zinco sono delle ripiegature della catena polipeptidica che sono formati da ioni zinco e da 4 amminoacidi: o 4 residui di cisteina o 2 cys e 2 his. Queste dita si vanno a collegare con il DNA.
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