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Negli eucarioti la ricombinazione dei cromosomi omologhi è associata alla riproduzione.
Nei procarioti i due processi sono nettamente distinti e pur riproducendosi per via asessuata essi hanno molti processi per ricombinare i loro geni:
- Trasformazione è la ricombinazione che avviene quando un batterio acquisisce DNA libero dall’ambiente ed è molto simile al processo eucariotico. (spiega esperimento di Griffith).
- Trasduzione è invece il meccanismo di trasferimento di geni da un batterio ad un altro tramite un virus (batteriofago), se trasferisce un frammento qualunque di DNA essa è generalizzata, se il profago trasferisce un frammento specifico essa è specializzata.
- Coniugazione, è il passaggio diretto di informazioni genetiche da un batterio ad un altro tramite pili sessuali che vengono a chiamarsi, una volta in contatto, tubi di coniugazione.
I geni che permettono la creazione di questi pili sessuali si trovano in una piccola molecola circolare di DNA mobile chiamata plasmide, che non rientra tra i cromosomi principali.

Questi durante la coniugazione possono trasferirsi nella cellula ricevente portando nuovi geni.
I plasmidi esistono di diversi tipi:
- fattori di fertilità o F rendono possibile la coniugazione, talvolta si può integrare nel cromosoma principale e può portare nell’altro batterio informazioni di esso
- plasmidi metabolici conferiscono ai batteri alcune capacità metaboliche insolite
- fattori di resistenza o R portano geni che codificano proteine capaci di demolire o alterare gli antibiotici.

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