Elementi chiave nella trascrizione e modifiche dell'mRNA eucariote

• il più vicino al punto di inizio effettivo di trascrizione (-30bp) è il TATA-box (l'assoluta maggioranza di geni la possiede nel suo promotore): se lo inattivo però l'efficienza della trascrizione non crolla a 0, ma rimane al 38%, TATA box è quindi importante ma non indispensabile. Se si toglie la sequenza che precede TATA box l'effetto è quasi nullo, il rendimento è pari al 95%: essa non è quindi un promotore.

• ancora a monte la CG-box, a -100, che se rimossa causa un drammatico calo dell'efficienza, che crolla al 14%.

• c'è poi la CAAT-box a -110, che se rimossa fa calare l’efficienza al 50%.

Modifiche post-trascrizionali dell'mRNA

Queste ultime due sequenze non interagiscono con RNA polimerasi, che interagisce solo con TATA -box, ma sono molto importanti per le interazioni con proteine che regolano l'efficienza della RNA polimerasi, inoltre un mRNA eucariote appena trascritto viene modificato alle estremità per stabilizzare la molecola, che deve comunque ancora andare incontro al processo di maturazione; quelle di mRNA appena sintetizzate sono infatti molecole deboli e poco stabili che possono essere attaccate da RNasi. All’estremità 5' viene agguanto un cap, un ribonucleoside, 7metilguanosina, guanosina con legato al N in posizione 7 un gruppo metile. Alla estremità 3'-OH vengono aggiunte invece delle code di poli A, tante adenosine. La coda di poli A viene aggiunta in seguito alla rimozione di una sequenza finale in seguito al riconoscimento di sequenze specifiche.