Multiallineamento

La definizione di multi-allineamento è allineamento di un insieme

di sequenze aa o nucl superiore a 3 o parti di esse.

Generalizzazione dell allineamento a coppie. Computazionalmente

oneroso se affrontato in modo esatto, quindi si usano soluzioni euristiche.

Utilizza la stessa strategia dell allineamento a coppie, ma, nel caso

dell allin ottimo, la matrice di procedura avrà n dimensioni pari al

numero di sequenze in gioco. Se sono 3 sarà un cubo, dove per un allin

globale si procede dal vertice source al vertice sink.

Avendo tantissime seq da allineare non si usa l allin ottimo perché

esploderebbe. Il metodo euristico +conosciuto è l allineamento

progressivo: si inizia facendo allineamenti a coppie globali con

algoritmo ottimo per ogni coppia per definire distanez e similarità, si

determina un albero filogenetico guida applicando il metodo fenetico

di clustering UPGMA, e si allineano progressivamente le sequenze

dalle +vicine alle + lontane costruendo il multi-allineamento. L

implementazione + popolare è ClustalW.

Ad ogni allineamento a coppie globale corrisponde un punteggio.

Per n seq servono (n su 2)=n!/[(n-2)!*2!]=n(n-1)/2 allineam a coppie.

Dalla similarità devo passara alla distanza e costruire l albero,

usando UPGMA. Poi parto dalle 2 seq +vicine e faccio l allin a

coppie, per poi agginugere una ad una le altre seq +vicine fino alla

fine.

Multiallineamento. Zone + conservate, zone - conservate, gap. * per

posiz perfettamente conservate, : per similarità alta, . per simil

+bassa.

Nel fare gli allineam a coppie, posso dover farlo tra una coppia e un altro

elemento o tra due coppie.