Nomenclatura dei batteri

Elementi trasponibili

Gli elementi trasponibili sono sequenze con la capacità di muoversi da un sito a un altro di un cromosoma.

Diversamente dagli altri processi, coinvolgono minima ristrutturazione genomica, per la trasposizione non si hanno omologia tra le sequenze del sito accettore e donatore.

Sequenze di inserzione (IS)

Frammenti di DNA che possono muoversi sul cromosoma.

L'inserzione può causare mutazioni di un gene o di un operone.

Sono delimitati da IR (corte sequenze di nucleotidi invertite), costituiti dallo stesso frammento copiato per le trasposizioni.

Le sequenze di inserzione (IS) sono unità autonome e codificano solo per le proteine necessarie alla propria trasposizione.

Sono i costituenti di cromosomi e plasmidi:

IR 210 b.p 768 b.p IS₄ Ecoc_3-12 Escheria₂₉₄₀ Sensitiva 2 IS₂, IS₃, IS₄, IS₅

Trasposoni

Lunghezza media sequenze IS: 1500-1500 b.p.

Lunghezza media IR: 10-25 b.p.

Trasposoni compositi

Sequenza IS₅.

Trasposone lunghezza (b.p) modulo terminale marchio simbolo.

• Tn₃ 4957 Amp Hm
• Tn₅₀₁ 8200 Hg Utilizzazione Calcio
• Tn₅ 5800 Kan
• Tn₁₀₀₀ 5700 470 Tetr
• Tn₁₉ 9300 Ap
• Tn₂₀ Tet

Enterobaciana clasa del coca.

Mutazioni e danni al DNA

1. Raggi ultravioletti provocano la produzione di dimeri delle pirimidine. Dimeri di pirimidina prodotti PU FAENQUN 5ONO.
2. Radiazioni. Le radiazioni ionizzanti, ad esempio raggi A e raggi gamma, producono molecole di ossigeno reattivo (O^-, H₂O₂), che danneggiano le basi azotate. Queste radiazioni possono provocare la comparsa di siti apurinici mediante rottura del legame zucchero-base. Un errore ricombinante leghe movova dei filamenti.
3. Mutazioni spontanee: deaminazione che converte ciostina in uracile che apapia con l'adminina durante la replicazione. Danno ossidativo alle basi azotate. Depurinazione Ilolum P5 di G a O ascomueno G-C con ATA.

Ames test

Ames test è un test per determinare la mutagenicità di una sostanza!

Es Salmonella IONIM in cu cu cepdi con ceppi hanno mutazioni nel sistema di riparazione.

Test di reversione (ris pis).

Aggiunta dell'agente chimico da testare.

Piastra con terreno minimo.

1. I problem a che solo 10 vol di sostanze tossica risulta cancerogene in quanto le sostanze divengono cancerogene solo dopo che hanno minimiditi il fegato. Dunque soluzione simulare il metabolismo dei mammiferi nel procuore legale solubilizzato nel sistema dell'esperimauna votche inietegse la sostanza da testare che stamo suificatione... causo casi gli enzimi del fegato creano compos kossit o MIC.

Elementi trasponibili

Gli elementi Grausporiogli sono sequenze con la capacità di muoversi da un sito ad un altro dupi... cromosoma.

Diversamente dagli altri processi coinvola ris mxa ristrutturazione geonomic, per la sequenze di inserzione (I5) o frammenti di DNA che possono muovusi sui cromosoma.

L'inserzione pu causare mutazioni di un gene o di una inteza prosono delimitati da IR (corte seqvenze di nucleotidi invertite, costituì sito ad uno di inserzione e per imrasp von equareano gione lo stesso frammento coopiano per il transpozento.

Le sequenze di inserzione (IS) sono unità autonome e codificano solo per la proteino necessaria alla propra trasposizione.

Sono i consistenti di comosomi o plasmidi.

_IR A 210 B 973 860 _IR 768 bp IS₁ Erch 3:12 Str 20-50 Sanilia 2.

Transoposezi.

Lunghezza nugleo sequenze: 150 1000-1500 bp.

Lunghezza med: lr 10-12 5bp.

Trasposoni compositi

Imr ANOI LETHI IR ALTRI GENI SEQUENZA IS SEQUENZA 15 lmr _lr.

Transposone lunghezza (5p).

• Tn₃ 4957
• Tn₅₀₁ 8200
• Tn₅₃₇₁ 1690
• Tn₅ 5700
• Tn_l0 9300
• Tn₉ 2010

Modula terminale marca simbrica Amhp Hag Utilizzazione lactose Vs Coti Aspe TreM Stop Eteteramilsici Strisuroo di cloni.

Origine dei trasposoni compositi

Trasposizione in un sito adiacente.

1 o più geni batterici.

La formazione di sequenze ripetute in un sito bersaglio avviene in questo modo.

GGGTTTCCAAAC CCAAGGTTT.

La trasposizione induce tagli sfasati nel sito bersaglio.

GGGTTTCCAA CC C AAGGTTT.

Riempimento delle interruzioni.

GTTTCCAA C ACC AAGG T T.

Cambiamenti genetici prodotti dai trasposoni

DNA promotore | mRNA mRNA proteina.

In cui l'inserzione di un promotore sul DNA bersaglio può bloccare l'inattivazione del gene bersaglio.

DNA mRNA.

Nel caso di trasposizione in un operone si genera un effetto polarità.

Gene 1 Gene 2 Gene 3 mRNA policistronico.

Anche i geni 2 e 3 non sono espressi in quanto la trascrizione è bloccata con l'elemento trasposonico.

Meccanismi di riparazione del DNA

04/04/17.

Meccanismi di riparazione del DNA prevenzione degli errori.

DNA polimerasi esegue correzione delle bozze. È possibile una attività 5' → 3' che rimuove le basi appena erroneamente. Quindi la polimerasi continua la sintesi (5'→3').

Peroxisomi dismutasi → converte i radicali OH in H₂O₂.

Peroxisomi catalasi → converte H₂O₂ in acqua (H₂O).

Rimozione diretta del danno

Fotoreattivazione → i fotodimeri sono aberranti.

Apalintransferasi in grado di rimuovere i gruppi alcilici alcuni dal mutageno.

Nessuno dei due sistemi è completamente efficiente.

Sistemi di riparazione

La natura complementare del filamento di DNA consente di sirvi di localizzare gli errori.

Riparazione per escissione ripara i danni prima della sintesi.

Riparazione post-repulizione in rigioni elimina errori revising.

Riparazione per escissione (o rimozione del DNA danneggiato) completa (con**zione) → meno abbondante ** segno metallico escissione.

• Riconosce la base anomala promuoviare distruzione della.
• Escisio la lesione e in regione che frammentare.
• Utilizzo del filamento complementare per riproduzione in funzione.

UVc UVb TO5', 3'5', 3' pepe problem DNA ligasi.

DNA _glicosilasi rimuove la base errata.

1) Eleosi cions vengono eleasi invade alcuni nucleasi sito specifica la regione finalmente in vine rimosse la polimerasi sintezza nuovo DNA e la ligasi lega il filamento neosintetizzato al vecchio filamento.

Diversità nei procarioti

Ciruppi batterici.

Si stima l'esistenza di 10 milioni di specie procariotiche; in passato erano conosciuti solo quelli in grado di coltivarsi.

Solo circa 5000 le specie caratterizzate.

Molte specie non coltivabili, in laboratorio (generalmente 1-7% da ciascun ambiente): si ha traccia della loro esistenza mediante DNA.

La classificazione dei procarioti avviene su criteri basati sull'omologia.

I botanici e zoologi classificano piante e animali basandosi sulla loro capacità di interfecondarsi per cui due individui sono di una specie se riescono a dare una prole.

Si definiscono quindi delle classificazioni raggruppamenti di batteri in base a un certo grado di somiglianza genetica.

I gruppi batterici

Si possono definire nomi dei gruppi batterici, così come le piante e gli animali.

Nome (in corsivo in latino e sottolineato in [individuati>).

NB ogni nome specie ha un valore legale ed è regolato da accordi internazionali.

Identificazione: riconoscimento delle caratteristiche che consentono la classificazione.

Tassonomia microbiologica.

Esistono diversi sistemi di classificazione dei gruppi batterici, per anni si impiegati la morfologia e l'anchesso la composizione chimica diversali di classificazione sono:

Sistemi di classificazione

Livelli di classificazione ^papanedutili per la classificazione.

Morfologia della corona.

Osservazioni cellulari speciali: substrato, superficie volontazioni della parete gliocelica.

Impiego antigene batteriche.

NB essi stenologici animali predetimenti usati da specifici ottenuti dal plasma immatico di riferimento con un organismo batterico.

Gli antisieri contengono anticorpi reagenti con un ospite d'organismo in superficie.

In questo sistema di identificazione: recichiamento rimonamente shamzione crescia quindi furensi.

1. Sistema intestinale.
2. Mediate di predeterminazione degli gruppi, sono il primo il sistematico.

Nelle specie si hanno tante epoche con quali simili se quanto di funzione indica batteri:

Gruppi dei gruppi batterici

Es Basculis termini Pilossidi termini Ordine Bacillales termin Famiglia Bacillacee^II ...

Unità tassonomica = specie.

Insieme di ceppi batterici che condividono molte caratteristiche fenotipiche comuni, ma distinguibile da altre specie.

Ceppo = Insieme di cellule geneticamente identiche, sempre derivante da subcultura di un singolo colonia isolata (puetz 2 7).

Cepotipo (type strain) = Coltura di cui è stata descritta originariamente la specie, depositato presso le collezioni di colture batteriche (ATCC), esempio permanente della specie in letteratura.

Nomenclatura

Sistema binomiale della nomenclatura.

Genere + specie.

Italics (corsivo).

Il nome del genere con iniziale maiuscola e può essere abbreviato.

Il nome della specie non è mai abbreviato.

Il nome del genere può impiegarsi da solo a indicare un gruppo ampio, quello della specie non si impiega da solo perché qualunque colonie batteriche permanenti della specie.

Esempio: Bacillus subtilis → B. subtilis.

Nomi descrittivi e comuni

Alcuni nomi di microorganismi possono essere di uso comune, ma questi non possiedono valore o significato tassonomico.

• Esempio: Bacillo di tubercolosi → Mycobacterium tuberculosis.
• Meningococco → Neisseria meningitidis.
• Streptococco gruppo A → Streptococcus pyogenes.

Il ceppo

Il "ceppo" è una popolazione batterica che deriva dalla divisione di una singola cellula originaria.

All'interno della massa sono presenti cloni e mutanti (progressivo accumulo di determinazioni, l'origine di una subserie, comunanza di mutazioni = successive alla formazione di una nuova specie).

Il ceppo (strain) è una popolazione "chiusa" (che deriva isolatamente da una singola cellula) contenente cloni (igenza) coltura pura), diversa ceppi componenti una specie rappresentano la variabilità genetica intra-specie (in evoluzione).

Type strain

Corrisponde al ceppo scrittori per primo al riconoscimento di una nuova specie; esso diventa quindi un ceppo di riferimento.

Il ceppo utilizzato come riferimento di una specie, il quale si stabilisce l'appartenenza di un ceppo batterico.

Cultivazione urea come fonte di N

H₂N-C-NH₂ + 2 H₂0 → CO₂ + H₂0 + 2 NH₃.

L'analisi dell'urea porta alla formazione di condizioni basiche che fanno virale il colore dell'indicatore rosso fenolo.

Dai metabolismi al DNA

I test biochimici sono dicine spesso riproducono risultati amibui, sono tuttavia ancora largamente diffusi.

Critici per l'omologia.

A) Altri fenotipici descrittivi seguono quali genetici comportamentali ossi la valutazione del GC a quanto in particolare complementa.

Esempio: in batteri come Escherichia coli con GC di 37%, ha un DNA il quale, confrontato con Bacillus subtilis, il cui DNA (doppio). Il DNA della stessa specie batteri.

NB utilizzano capacità di denaturare (ossia far dividere i filamenti) poi rinquinare fra apparire avvento nel lasso di tempo il processo di riduzione della.

La tecnica di ibridazione DNA/DNA potrà definire i compartimenti alla stessa specie batteria come una trasferta lo omologa allo specchio (ampliamenti delle specie ad almeno 70%).

La temperatura di fusione del DNA è direttamente proporzionale al suo contenuto in GC.

Il rapporto DNA-DNA fornisce informazioni relative ai parametri fra ceppi non possono e vi siano non superano l'omologo di 70%.

All'interno queste informazioni si passano col risedivi univita alle analisi sequenza di DNA codificanti per la schnida accoppiato agli omologo di 60%.

Criterio: omologia genetico

Elevate omologie per il singolo gruppo di reale riduzionisce di una stessa specie (90%). Risposta ripetibile, necessario una mappa di nucleotici sequenziali "peculiari".

I ceppi possono avere la capacità di isolare una specie il quale questa riesce infine per gli amimorità romogene o meno; il cui gruppo di necessaria rivitalzone (a livello fenomenico singolo isolato coriamore il Ceppo Giorgio che priva di evoluzioni - sottogruppi di differenze - Un confronto fra specie potebre desume per questo ulteriori differenze omologo unico, o non un morfocaomona o caso ispezionreica).