Biosintesi dei nucleotidi pirimidinici

Biosintesi dei nucleotidi pirimidinici

La regolazione di questa via metabolica avviene a livello della prima tappa, sull’enzima Carbamilfosfato Sintetasi II, che produce carbammil fosfato. Questo enzima viene inibito dal CTP (prodotto finale) e attivato da ATP (essendo una purina) e PRPP (abbondanza di pentosio attivato), per bilanciare la produzione di purine e pirimidine.
Anche l’aspartato transcarbammilasi (ATCasi), che catalizza la seconda tappa, viene regolato. Anch’esso viene inibito dal CTP, mentre l’ATP impedisce l’inattivazione (anche se c’è il CTP, l’ATP lo mantiene attivo). L'ATCasi è formato da 6 subunità Catalitiche e 6 subunità Regolatrici, sensibili CTP e ATP.
È quindi un enzima allosterico cooperativo e presenta ovviamente un andamento sigmoidale, con CTP che stabilizza la forma T e ATP che stabilizza la forma R.
Infine, anche il CTP inibisce il suo enzima, citidilato sintetasi e stessa cosa l’UMP, inibisce il suo enzima orotato decarbossilasi.

Fosforilazione dei nucleotidi monofosfato

La regolazione di questa via metabolica avviene a livello della prima tappa, sull’enzima Carbamilfosfato Sintetasi II, che produce carbammil fosfato. Questo enzima viene inibito dal CTP (prodotto finale) e attivato da ATP (essendo una purina) e PRPP (abbondanza di pentosio attivato), per bilanciare la produzione di purine e pirimidine.
Anche l’aspartato transcarbammilasi (ATCasi), che catalizza la seconda tappa, viene regolato. Anch’esso viene inibito dal CTP, mentre l’ATP impedisce l’inattivazione (anche se c’è il CTP, l’ATP lo mantiene attivo). L'ATCasi è formato da 6 subunità Catalitiche e 6 subunità Regolatrici, sensibili CTP e ATP. È quindi un enzima allosterico cooperativo e presenta ovviamente un andamento sigmoidale, con CTP che stabilizza la forma T e ATP che stabilizza la forma R. Infine, anche il CTP inibisce il suo enzima, citidilato sintetasi e stessa cosa l’UMP, inibisce il suo enzima orotato decarbossilasi.
Finora abbiamo prodotto AMP e GMP, ma per la sintesi di DNA serve ATP e GTP. La conversione avviene in 3 step: L’enzima adenilato chinasi, innanzitutto trasforma AMP in ADP (è la stessa reazione che avviene nel muscolo per recuperare ATP ma al contrario).
ATP + AMP → 2 ADP
ATP + NMP → ADP + NDP
L’enzima nucleoside difosfato chinasi, trasferisce un fosfato da un nucleoside trifosfato ad uno difosfato. NTP + NDP → NDP + NTP Questo enzima non è specifico né per la base né per lo zucchero, anche se solitamente usa ATP perché è più abbondante.

Trasformazione di ribonucleotidi a deossiribonucleotidi

Finora abbiamo ottenuto ADP e GDP che hanno ribosio e perciò sono ribonucleotidi. Ma nel DNA servono deossiribonucleotidi (manca un ossigeno al C2), che provengono dalla trasformazione dei ribonucleotidi.
Si parte sempre da nucleosidi difosfato (ed. ADP o GDP), che vengono ridotti (cioè acquista elettroni/idrogeni) e diventano un deossiribonucleotide difosfato (es. dADP, dGDP).
La riduzione di questi nucleosidi è catalizzata dalla ribonucleotide reduttasi. Per ridurre il ribosio servono atomi di idrogeno (elettroni), i quali provengono dal NADPH, che li cede alla tioredossina tramite la tioredossina reduttasi. Infatti, questa proteina contiene gruppi -SH, ideali per cedere e riacquistare elettroni. La tioredossina viene poi utilizzata dal ribonucleotide reduttasi per ridurre il nucleotide. C’è anche un’altra via dove il NADPH cede elettroni al glutatione tramite la glutatione reduttasi, per poi essere trasferiti alla glutaredossina mediante la glutaredossina reduttasi. Infine la glutaredossina viene utilizzata dal ribonucleotide reduttasi per ridurre il nucleotide. L’enzima ribonucleotide reduttasi è un complesso α₂β₂, dove le subunità α sono quelle catalitiche, mentre quelle β producono un radicale stabile, utile alla funzione catalitica. Questo enzima è unico per ridurre tutti i nucleotidi, per cui ne viene regolata sia l’attività catalitica sia la specificità, affinché venga ci sia un pool di nucleotidi equilibrato.
1) Il sito di regolazione viene attivato da ATP e inibito da dATP (deossiATP).
2) Il sito di specificità viene regolato in base a quale nucleotide si lega:
- Se si lega ATP o poco dATP (che sono purine) bisogna sintetizzare le deossipirimidine: si produce dCTP e dTTP (da CDP e UDP)
- Quando il dTTP (pirimidina) aumenta e si lega sul sito, l’enzima cambia specificità produce dGTP (purina).
- Infine, quando anche dGTP aumenta, la specificità dell’enzima cambia per produrre dATP. Se si accumula anche il dATP, l’enzima viene spento (dATP infatti è un inibitore).