Set domande biologia molecolare
SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Set Domande: Biologia molecolare
SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 002
01. Legami deboli
Un tipo di legame debole che avviene fra 2 molecole che hanno cariche elettriche parziali di opposta polarità formano un'attrazione intermolecolare.
- Legame idrofobico
- Legame idrogeno
- Legame covalente
- Forze di van der Waals
02. Reazioni spontanee
Quale delle seguenti reazioni è poco probabile che avvenga spontaneamente?
- A + B--> C if ?G° for the reaction equals -2.5 kcal/mol.
- A + B --> C if Keq for the reaction equals 0.5.
- A + B --> C if ?G° for the reaction equals -12.5 kcal/mol
- A + B --> C if ?G° for the reaction equals +1 kcal/mol
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Set Domande: Biologia molecolare
SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 003
01. Osservazioni di Chargaff
Che cosa ha osservato Chargaff?
- In tutte le specie A+T=G+C
- Il DNA estratto da tessuti diversi di organismi della stessa specie ha la stessa composizione in basi.
- La composizione in basi non varia da una specie all'altra
- In tutte le specie il n delle guanine è uguale a quello delle adenine
02. Legame glicosidico delle basi azotate
Anche se c'è una rotazione libera intorno al legame glicosidico delle basi azotate, l'ingombro sterico:
- Fa adottare alle pirimidine solo la configurazione anti
- Le purine possono adottare solo la configurazione anti
- Fa adottare alle pirimidine solo la configurazione sin
- Permette alle purine solo la configurazione syn e molte possibilità alle pirimidine
03. Plasmide di E. coli ed EcoRI
Hai isolato da E. coli un plasmide di 10.500 pb (superavvolto, cccDNA). Il plasmide contiene un unico sito di riconoscimento per EcoRI, un enzima di restrizione. Gli enzimi di restrizione riconoscono una sequenza specifica e tagliano entrambi i filamenti del DNA a livello di quella sequenza.
Hai isolato da E. coli un plasmide di 10.500 pb (superavvolto, cccDNA). Il plasmide contiene un unico sito di riconoscimento per EcoRI, un enzima di restrizione. Gli enzimi di restrizione riconoscono una sequenza specifica e tagliano entrambi i filamenti del DNA a livello di quella sequenza. IMMAGINE DA INSERIRE
Hai brevemente incubato il cccDNA a 37 °C in quattro reazioni diverse contenenti i componenti indicati sotto. Poi hai fatto correre la reazione in un gel di agarosio e visualizzato il DNA usando il bromuro di etidio e la luce UV. Le miscele di reazione contenevano un tampone adeguato e l'ATP, quando era necessario.
In figura è mostrato un gel di agarosio con quattro canali dove sono rappresentati i possibili prodotti. Per ogni reazione, indica quale canale contiene i prodotti che ti aspetteresti di vedere sul tuo gel di agarosio e motiva la scelta con una spiegazione.
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Set Domande: Biologia molecolare
SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 004
01. Assorbimento della luce UV
La struttura a doppia elica assorbe la luce UV meno della struttura a singola elica perché:
- Le basi all'interno della doppia elica sono inaccessibili agli UV
- A causa dell'effetto ipocromico che si ha in quanto il legame H e l'impilamento delle basi limita la risonanza negli anelli aromatici delle basi
- Non è vero la singola elica assorbe più luce UV
- L'impilamento delle basi aumenta l'assorbimento della luce bianca a discapito dell'assorbimento della luce UV
02. Interazioni tra purine e pirimidine
Quale delle seguenti proprietà chimiche dell'interazione tra purine e pirimidine non influenza struttura e funzione degli acidi nucleici?
- L'impilamento idrofobico
- L'assorbanza agli UV
- Il tautomerismo delle basi
- La planarità delle basi
03. Caratteristiche dell'elica Z
Certe sequenze nucleotidiche si ripiegano nell'elica Z più facilmente di altre. Quale delle seguenti è una caratteristica tipica dell'elica Z?
- Le eliche Z sono solitamente destorse
- Le eliche Z tendono a formarsi quando si alternano residui di A e G
- Le eliche Z tendono a formarsi quando si alternano residui di 5 metilcitosine e G
- Nelle eliche Z tutte le basi hanno conformazioni anti
04. Superstruttura del DNA
Quale superstruttura può essere assunta da un tratto di DNA a doppia elica che contiene una sequenza ripetuta e invertita?
- Struttura circolare
- Struttura superavvolta
- Struttura Z
- Struttura cruciforme
05. Instabilità dell'RNA
La particolare instabilità dell'RNA (rispetto alle molecole di DNA) è dovuta alla presenza di un gruppo ..... sulla posizione 2' del ribosio
- Ossidrilico
- Fosforico
- Metilico
- Amminico
06. Stabilizzazione della doppia elica del DNA
Quali interazioni molecolari sono implicate nella stabilizzazione della doppia elica del DNA? (2 risposte corrette)
- Legami fosfodiesterici
- Interazioni idrofobiche (impilamento delle basi). Su interactive segna corretta la seconda
- Interazioni di Van der Waals.
- Legami covalenti
07. Cariche negative della catena polinucleotidica
Quali dei componenti chimici di una catena polinucleotidica presentano cariche negative?
- Nessuno.
- I gruppi fosfato
- Le basi puriniche
- I residui di zucchero (desossiribosio o ribosio).
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SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
08. Modificazioni dei nucleotidi
Quali delle seguenti modificazioni sono utilizzate nei nucleotidi?
- Modificazioni degli acidi grassi
- Fosforilazione
- Metilazione
- Glicosilazione
09. Componenti del ribonucleotide
Quale dei seguenti componenti NON appartiene al ribonucleotide
- Ribosio
- Gruppo fosfato
- Uracile
- Timina
10. Dogma centrale
Scegli il corretto ordine per il flusso di informazione del dogma centrale.
- DNA, traduzione, RNA, replicazione, proteine
- RNA, traduzione, DNA, trascrizione, proteine
- DNA, trascrizione, RNA, replicazione, proteine
- DNA, trascrizione, RNA, traduzione, proteine
11. Risultati sperimentali di Avery
Quale dei risultati sperimentali di Avery dimostrò che il DNA è necessario e sufficiente alla trasformazione dei batteri?
- Le proteine da sole permettono la trasformazione
- L'aggiunta di DNA da solo permette la trasformazione.
- Rimuovendo il DNA dagli estratti cellulari ottenuti dal ceppo S la trasformazione non avveniva
- Rimuovendo l'RNA dagli estratti cellulari ottenuti dal ceppo S la trasformazione non avveniva
12. Tripletta UUU e fenilalanina
Come è stato determinato per la prima volta che la tripletta UUU codifica per la fenilalanina?
- Determinazione della struttura tridimensionale a doppia elica del DNA
- Sintesi proteica in vitro programmata da un polinucleotide sintetico (poliU) che funge da mRNA artificiale in un estratto di cellule di E. coli.
- Determinazione chimica della composizione in basi del DNA e della composizione in amminoacidi delle proteine
- Sequenziamento diretto del DNA e del prodotto proteico
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SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 005
01. Attività enzimatica dell'RNA
L'RNA può avere attività enzimatica?
- Sì, i ribozimi sono RNA che hanno un sito di legame per il substrato ed una per i cofattori
- Sì, le snRPN sono enzimi coinvolti nello splicing
- No, ha solo funzioni di regolazione e trascrizione
- No, può interagire con enzimi e mediarne l'attività ma non funzionare come un enzima
02. Appaiamento di Hoogsteen
Spiega come si forma l'appaiamento di Hoogsteen e in quale strutture lo si ritrova
03. Struttura e funzione delle molecole di RNA
Descrivi struttura e funzione delle molecole di RNA evidenziandone la relazione
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SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 006
01. Struttura terziaria dell'RNA
Quali funzioni dell'RNA sono dipendenti dalla sua struttura terziaria?
- Trasportatore transiente di informazione genetica
- Trasportatore di aminoacidi al sito di di sintesi proteica
- Ruolo catalico splicing e trascrizione
- Tutte
02. Appaiamenti di Hoogsteen
Gli appaiamenti di Hoogsteen:
- Risulta in un tetraplex da uno strecht di residui di G
- Risulta in un triplex in cui tutti e tre i filamenti sono composti solo da purine
- Possono risultare nella formazione di una tripla elica all'interno di lunghe sequenze che contengono solo purine e pirimidine in un filamento
- Può creare interazioni addizionali AT
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SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 007
01. Struttura dei centromeri
Descrivi la struttura dei centromeri
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SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 008
01. Superavvolgimenti solenoide e plectonemico
Quali delle seguenti affermazioni sui superavvolgimenti solenoide e plectonemico è vero?
- I superavvolgimenti plectonemici sono sempre sinistorsi, mentre quelli solenoidi sono destorsi
- Solo i superavvolgimenti plectonemici sono stabilizzati dalla presenza di proteine.
- La formazione di superavvolgimenti solenoidi è sequenza specifico
- Nel DNA rilassato i superavvolgimenti plectonemici sono tutti destorsi e i superavvolgimenti sinistorsi sono solenoidi
02. Topoisomerasi di tipo II
Le Topoisomerasi di tipo II tagliano:
- Un solo filamento e sono dei monomeri
- Entrambi i filamenti e sono in genere dimeri o multimeri
- Un solo filamento e sono dimeri o multimeri
- Entrambi i filamenti e sono in genere monomeri
03. Parametri della struttura Z del DNA
Quali sono i parametri della struttura Z del DNA?
- Elica sinistrorsa | Diametro dell'elica: 20 Å Passo dell'elica: F34 Å
- Elica destrorsa | Diametro dell'elica 18 Å Passo dell'elica 46 Å
- Elica destrorsa | Diametro dell'elica 25 Å | Passo dell'elica 23 Å
- Elica sinistrorsa | Diametro dell'elica 18 Å Passo dell'elica 46 Å
04. Topoisomerasi di tipo I
Le Topoisomerasi di tipo I tagliano:
- Entrambi i filamenti e sono in genere monomeri
- Un solo filamento e sono dimeri o multimeri
- Un solo filamento e sono dei monomeri
- Entrambi i filamenti e sono in genere dimeri o multimeri
05. Centromeri
I centromeri sono:
- Sono sequenze sul cromosoma eucariote che funzionano durante la divisione cellulare come punto d'attacco per le proteine che associano il cromosoma al fuso mitotico
- Sono le sequenze in cui si forma il cinetocore nei cromosomi dei procarioti
- Sono sequenze alle estremità dei cromosomi che aumentano la stabilità dei cromosomi lineari
- Sono i siti a cui inizia la replicazione nei procarioti
06. Sequenze dei telomeri
Le sequenze dei telomeri contengono strutture secondarie tipo:
- Struttura cruciforme
- Struttura a zig-zag
- Struttura a solenoide
- G quartet
07. Eterocromatina facoltativa
Quali sono le caratteristiche della eterocromatina facoltativa?
- È trascritta in alcuni casi ma non in altri.
- Non contiene geni.
- È sempre compattata
- È sempre trascrizionalmente inattiva.
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SCIENZE BIOLOGICHE
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08. Doppia elica ibrida DNA-RNA
Quale struttura assume una doppia elica ibrida costituita da un filamento di DNA ed uno di RNA?
- Struttura A
- Struttura mista
- Struttura B
- Struttura Z
09. mRNA sintetico con sequenza ripetitiva
Un mRNA sintetico con sequenza ripetitiva 5'-CACACACACACACACACACACACA...-3' viene introdotto come stampo in un estratto cellulare usato come sistema di sintesi proteica in vitro. Assumendo che questa sintesi proteica inizi dal primo nucleotide della sequenza, senza bisogno di un codone di inizio, quale prodotto (o quali prodotti) ti aspetti di trovare dopo la sintesi?
- Una proteina con sequenza alternata di tre differenti amminoacidi
- Una proteina contenente un solo tipo di amminoacido
- Una proteina con sequenza alternata di due differenti amminoacidi.
- Due proteine con sequenza alternata di tre differenti amminoacidi
10. Twist, writhe e linking number
Considerando una molecola di DNA duplex circolare superavvolta, qual'è la relazione che esiste tra le grandezze: "twist" (Tw), "writhe" (Wr) e "linking number" (Lk)?
- A. Lk = Tw + Wr
- B. Lk = Tw - Wr
- C. Lk = Tw · Wr
- D. Tw = Lk + Wr
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SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 009
01. Istone H1 linker
L'istone H1 linker:
- Appartiene ad una struttura di supporto detta scaffold
- Piccola proteina globulare con una coda N-ter di 20-35aa, 80 residui nel dominio centrale globulare e e regione Cter di 100 residui.
- Promuovono la condensazione del DNA, necessarie alla segregazione dei cromosomi durante la mitosi, implicate nei meccanismi di riparazione.
- Si assembla in un tetramero con H3-H4
02. Proteine SMC
Che cosa sono le proteine SMC. Descrivine la struttura ed il loro ruolo?
03. Fibra cromatinica
Come è organizzata la fibra cromatinica? Quali livelli di organizzazione conosci?
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SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 011
01. Sequenze ripetute
Sequenze ripetute: come sono state scoperte, descrivi le diverse classi
02. DNA eucariotico
Come viene classificato il DNA Eucariotico?
03. Proteine istoniche e nucleosoma
Descrivi quali sono le principali proteine istoniche e quale ruolo hanno nel nucleosoma. Basandosi su quanto hai studiato spiega quali sono gli istoni più conservati. Infine spiega perché sono importanti le code istoniche e cos'è il CODICE ISTONICO
04. Pseudogeni
Spiega che cosa gli pseudogeni e come si originano
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Set Domande: Biologia molecolare
SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 013
01. Polimerasi e proofreading
Quale Polimerasi ha proprietà proofreading, in che cosa consiste?
02. Processività della DNA polimerasi
Cosa si intende per processività della DNA polimerasi? Indica le processività dei diversi enzimi
03. Esperimento replica plating
Spiega in cosa consiste l'esperimento "replica plating"
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SCIENZE BIOLOGICHE
Docente: Russo Silvia
Lezione 014
01. Acetilazione degli istoni
L'acetilazione degli istoni gioca un ruolo biologico fondamentale nella maggior parte dei processi coinvolti nella regolazione della trascrizione. I principali enzimi coinvolti:
- Le acetiltransferasi, che si dividono in 4 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT), e le istondeacetilasi, che si dividono in gruppo A e B. Le istondeacetilasi (HDAC) catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di lisina ed utilizzano come cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva dell'arginina e indebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B si distinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoni liberi nel citoplasma. Le acetiltransferasi svolgono la funzione opposta di ristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classe III richiede uno specifico cofattore NAD+
- Le acetiltransferasi, che si dividono in 2 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT) A e B, e le istondeacetilasi. Le acetiltransferasi catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di un'arginina ed utilizzano come cofattore NAD+. Ciò neutralizza la carica positiva della lisina e indebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B si distinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoni liberi nel citoplasma. Le istondeacetilasi (HDAC) svolgono la funzione opposta di ristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classe III richiede uno specifico cofattore Coenzima A
- Le istondeacetilasi (HDAC) che si dividono in 2 diversi gruppi A e B, e le acetiltransferasi. Le istondeacetilasi catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di lisina ed utilizzano come cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva della lisina e indebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B si distinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoni liberi nel citoplasma. Le acetiltransferasi, svolgono la funzione opposta di ristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classe III richiede uno specifico cofattore NAD+
- Le acetiltransferasi, che si dividono in 2 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT) A e B, e le istondeacetilasi. Le acetiltransferasi catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di lisina ed utilizzano come cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva della lisina e
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