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Set domande biologia molecolare

SCIENZE BIOLOGICHE

Docente: Russo Silvia

Set Domande: Biologia molecolare

SCIENZE BIOLOGICHE

Docente: Russo Silvia

Lezione 002

01. Legami deboli

Un tipo di legame debole che avviene fra 2 molecole che hanno cariche elettriche parziali di opposta polarità formano un'attrazione intermolecolare.

  • Legame idrofobico
  • Legame idrogeno
  • Legame covalente
  • Forze di van der Waals

02. Reazioni spontanee

Quale delle seguenti reazioni è poco probabile che avvenga spontaneamente?

  • A + B--> C if ?G° for the reaction equals -2.5 kcal/mol.
  • A + B --> C if Keq for the reaction equals 0.5.
  • A + B --> C if ?G° for the reaction equals -12.5 kcal/mol
  • A + B --> C if ?G° for the reaction equals +1 kcal/mol

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Set Domande: Biologia molecolare

SCIENZE BIOLOGICHE

Docente: Russo Silvia

Lezione 003

01. Osservazioni di Chargaff

Che cosa ha osservato Chargaff?

  • In tutte le specie A+T=G+C
  • Il DNA estratto da tessuti diversi di organismi della stessa specie ha la stessa composizione in basi.
  • La composizione in basi non varia da una specie all'altra
  • In tutte le specie il n delle guanine è uguale a quello delle adenine

02. Legame glicosidico delle basi azotate

Anche se c'è una rotazione libera intorno al legame glicosidico delle basi azotate, l'ingombro sterico:

  • Fa adottare alle pirimidine solo la configurazione anti
  • Le purine possono adottare solo la configurazione anti
  • Fa adottare alle pirimidine solo la configurazione sin
  • Permette alle purine solo la configurazione syn e molte possibilità alle pirimidine

03. Plasmide di E. coli ed EcoRI

Hai isolato da E. coli un plasmide di 10.500 pb (superavvolto, cccDNA). Il plasmide contiene un unico sito di riconoscimento per EcoRI, un enzima di restrizione. Gli enzimi di restrizione riconoscono una sequenza specifica e tagliano entrambi i filamenti del DNA a livello di quella sequenza.

Hai isolato da E. coli un plasmide di 10.500 pb (superavvolto, cccDNA). Il plasmide contiene un unico sito di riconoscimento per EcoRI, un enzima di restrizione. Gli enzimi di restrizione riconoscono una sequenza specifica e tagliano entrambi i filamenti del DNA a livello di quella sequenza. IMMAGINE DA INSERIRE

Hai brevemente incubato il cccDNA a 37 °C in quattro reazioni diverse contenenti i componenti indicati sotto. Poi hai fatto correre la reazione in un gel di agarosio e visualizzato il DNA usando il bromuro di etidio e la luce UV. Le miscele di reazione contenevano un tampone adeguato e l'ATP, quando era necessario.

In figura è mostrato un gel di agarosio con quattro canali dove sono rappresentati i possibili prodotti. Per ogni reazione, indica quale canale contiene i prodotti che ti aspetteresti di vedere sul tuo gel di agarosio e motiva la scelta con una spiegazione.

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SCIENZE BIOLOGICHE

Docente: Russo Silvia

Lezione 004

01. Assorbimento della luce UV

La struttura a doppia elica assorbe la luce UV meno della struttura a singola elica perché:

  • Le basi all'interno della doppia elica sono inaccessibili agli UV
  • A causa dell'effetto ipocromico che si ha in quanto il legame H e l'impilamento delle basi limita la risonanza negli anelli aromatici delle basi
  • Non è vero la singola elica assorbe più luce UV
  • L'impilamento delle basi aumenta l'assorbimento della luce bianca a discapito dell'assorbimento della luce UV

02. Interazioni tra purine e pirimidine

Quale delle seguenti proprietà chimiche dell'interazione tra purine e pirimidine non influenza struttura e funzione degli acidi nucleici?

  • L'impilamento idrofobico
  • L'assorbanza agli UV
  • Il tautomerismo delle basi
  • La planarità delle basi

03. Caratteristiche dell'elica Z

Certe sequenze nucleotidiche si ripiegano nell'elica Z più facilmente di altre. Quale delle seguenti è una caratteristica tipica dell'elica Z?

  • Le eliche Z sono solitamente destorse
  • Le eliche Z tendono a formarsi quando si alternano residui di A e G
  • Le eliche Z tendono a formarsi quando si alternano residui di 5 metilcitosine e G
  • Nelle eliche Z tutte le basi hanno conformazioni anti

04. Superstruttura del DNA

Quale superstruttura può essere assunta da un tratto di DNA a doppia elica che contiene una sequenza ripetuta e invertita?

  • Struttura circolare
  • Struttura superavvolta
  • Struttura Z
  • Struttura cruciforme

05. Instabilità dell'RNA

La particolare instabilità dell'RNA (rispetto alle molecole di DNA) è dovuta alla presenza di un gruppo ..... sulla posizione 2' del ribosio

  • Ossidrilico
  • Fosforico
  • Metilico
  • Amminico

06. Stabilizzazione della doppia elica del DNA

Quali interazioni molecolari sono implicate nella stabilizzazione della doppia elica del DNA? (2 risposte corrette)

  • Legami fosfodiesterici
  • Interazioni idrofobiche (impilamento delle basi). Su interactive segna corretta la seconda
  • Interazioni di Van der Waals.
  • Legami covalenti

07. Cariche negative della catena polinucleotidica

Quali dei componenti chimici di una catena polinucleotidica presentano cariche negative?

  • Nessuno.
  • I gruppi fosfato
  • Le basi puriniche
  • I residui di zucchero (desossiribosio o ribosio).

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Docente: Russo Silvia

08. Modificazioni dei nucleotidi

Quali delle seguenti modificazioni sono utilizzate nei nucleotidi?

  • Modificazioni degli acidi grassi
  • Fosforilazione
  • Metilazione
  • Glicosilazione

09. Componenti del ribonucleotide

Quale dei seguenti componenti NON appartiene al ribonucleotide

  • Ribosio
  • Gruppo fosfato
  • Uracile
  • Timina

10. Dogma centrale

Scegli il corretto ordine per il flusso di informazione del dogma centrale.

  • DNA, traduzione, RNA, replicazione, proteine
  • RNA, traduzione, DNA, trascrizione, proteine
  • DNA, trascrizione, RNA, replicazione, proteine
  • DNA, trascrizione, RNA, traduzione, proteine

11. Risultati sperimentali di Avery

Quale dei risultati sperimentali di Avery dimostrò che il DNA è necessario e sufficiente alla trasformazione dei batteri?

  • Le proteine da sole permettono la trasformazione
  • L'aggiunta di DNA da solo permette la trasformazione.
  • Rimuovendo il DNA dagli estratti cellulari ottenuti dal ceppo S la trasformazione non avveniva
  • Rimuovendo l'RNA dagli estratti cellulari ottenuti dal ceppo S la trasformazione non avveniva

12. Tripletta UUU e fenilalanina

Come è stato determinato per la prima volta che la tripletta UUU codifica per la fenilalanina?

  • Determinazione della struttura tridimensionale a doppia elica del DNA
  • Sintesi proteica in vitro programmata da un polinucleotide sintetico (poliU) che funge da mRNA artificiale in un estratto di cellule di E. coli.
  • Determinazione chimica della composizione in basi del DNA e della composizione in amminoacidi delle proteine
  • Sequenziamento diretto del DNA e del prodotto proteico

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Docente: Russo Silvia

Lezione 005

01. Attività enzimatica dell'RNA

L'RNA può avere attività enzimatica?

  • Sì, i ribozimi sono RNA che hanno un sito di legame per il substrato ed una per i cofattori
  • Sì, le snRPN sono enzimi coinvolti nello splicing
  • No, ha solo funzioni di regolazione e trascrizione
  • No, può interagire con enzimi e mediarne l'attività ma non funzionare come un enzima

02. Appaiamento di Hoogsteen

Spiega come si forma l'appaiamento di Hoogsteen e in quale strutture lo si ritrova

03. Struttura e funzione delle molecole di RNA

Descrivi struttura e funzione delle molecole di RNA evidenziandone la relazione

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Lezione 006

01. Struttura terziaria dell'RNA

Quali funzioni dell'RNA sono dipendenti dalla sua struttura terziaria?

  • Trasportatore transiente di informazione genetica
  • Trasportatore di aminoacidi al sito di di sintesi proteica
  • Ruolo catalico splicing e trascrizione
  • Tutte

02. Appaiamenti di Hoogsteen

Gli appaiamenti di Hoogsteen:

  • Risulta in un tetraplex da uno strecht di residui di G
  • Risulta in un triplex in cui tutti e tre i filamenti sono composti solo da purine
  • Possono risultare nella formazione di una tripla elica all'interno di lunghe sequenze che contengono solo purine e pirimidine in un filamento
  • Può creare interazioni addizionali AT

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Lezione 007

01. Struttura dei centromeri

Descrivi la struttura dei centromeri

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SCIENZE BIOLOGICHE

Docente: Russo Silvia

Lezione 008

01. Superavvolgimenti solenoide e plectonemico

Quali delle seguenti affermazioni sui superavvolgimenti solenoide e plectonemico è vero?

  • I superavvolgimenti plectonemici sono sempre sinistorsi, mentre quelli solenoidi sono destorsi
  • Solo i superavvolgimenti plectonemici sono stabilizzati dalla presenza di proteine.
  • La formazione di superavvolgimenti solenoidi è sequenza specifico
  • Nel DNA rilassato i superavvolgimenti plectonemici sono tutti destorsi e i superavvolgimenti sinistorsi sono solenoidi

02. Topoisomerasi di tipo II

Le Topoisomerasi di tipo II tagliano:

  • Un solo filamento e sono dei monomeri
  • Entrambi i filamenti e sono in genere dimeri o multimeri
  • Un solo filamento e sono dimeri o multimeri
  • Entrambi i filamenti e sono in genere monomeri

03. Parametri della struttura Z del DNA

Quali sono i parametri della struttura Z del DNA?

  • Elica sinistrorsa | Diametro dell'elica: 20 Å Passo dell'elica: F34 Å
  • Elica destrorsa | Diametro dell'elica 18 Å Passo dell'elica 46 Å
  • Elica destrorsa | Diametro dell'elica 25 Å | Passo dell'elica 23 Å
  • Elica sinistrorsa | Diametro dell'elica 18 Å Passo dell'elica 46 Å

04. Topoisomerasi di tipo I

Le Topoisomerasi di tipo I tagliano:

  • Entrambi i filamenti e sono in genere monomeri
  • Un solo filamento e sono dimeri o multimeri
  • Un solo filamento e sono dei monomeri
  • Entrambi i filamenti e sono in genere dimeri o multimeri

05. Centromeri

I centromeri sono:

  • Sono sequenze sul cromosoma eucariote che funzionano durante la divisione cellulare come punto d'attacco per le proteine che associano il cromosoma al fuso mitotico
  • Sono le sequenze in cui si forma il cinetocore nei cromosomi dei procarioti
  • Sono sequenze alle estremità dei cromosomi che aumentano la stabilità dei cromosomi lineari
  • Sono i siti a cui inizia la replicazione nei procarioti

06. Sequenze dei telomeri

Le sequenze dei telomeri contengono strutture secondarie tipo:

  • Struttura cruciforme
  • Struttura a zig-zag
  • Struttura a solenoide
  • G quartet

07. Eterocromatina facoltativa

Quali sono le caratteristiche della eterocromatina facoltativa?

  • È trascritta in alcuni casi ma non in altri.
  • Non contiene geni.
  • È sempre compattata
  • È sempre trascrizionalmente inattiva.

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SCIENZE BIOLOGICHE

Docente: Russo Silvia

08. Doppia elica ibrida DNA-RNA

Quale struttura assume una doppia elica ibrida costituita da un filamento di DNA ed uno di RNA?

  • Struttura A
  • Struttura mista
  • Struttura B
  • Struttura Z

09. mRNA sintetico con sequenza ripetitiva

Un mRNA sintetico con sequenza ripetitiva 5'-CACACACACACACACACACACACA...-3' viene introdotto come stampo in un estratto cellulare usato come sistema di sintesi proteica in vitro. Assumendo che questa sintesi proteica inizi dal primo nucleotide della sequenza, senza bisogno di un codone di inizio, quale prodotto (o quali prodotti) ti aspetti di trovare dopo la sintesi?

  • Una proteina con sequenza alternata di tre differenti amminoacidi
  • Una proteina contenente un solo tipo di amminoacido
  • Una proteina con sequenza alternata di due differenti amminoacidi.
  • Due proteine con sequenza alternata di tre differenti amminoacidi

10. Twist, writhe e linking number

Considerando una molecola di DNA duplex circolare superavvolta, qual'è la relazione che esiste tra le grandezze: "twist" (Tw), "writhe" (Wr) e "linking number" (Lk)?

  • A. Lk = Tw + Wr
  • B. Lk = Tw - Wr
  • C. Lk = Tw · Wr
  • D. Tw = Lk + Wr

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Docente: Russo Silvia

Lezione 009

01. Istone H1 linker

L'istone H1 linker:

  • Appartiene ad una struttura di supporto detta scaffold
  • Piccola proteina globulare con una coda N-ter di 20-35aa, 80 residui nel dominio centrale globulare e e regione Cter di 100 residui.
  • Promuovono la condensazione del DNA, necessarie alla segregazione dei cromosomi durante la mitosi, implicate nei meccanismi di riparazione.
  • Si assembla in un tetramero con H3-H4

02. Proteine SMC

Che cosa sono le proteine SMC. Descrivine la struttura ed il loro ruolo?

03. Fibra cromatinica

Come è organizzata la fibra cromatinica? Quali livelli di organizzazione conosci?

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SCIENZE BIOLOGICHE

Docente: Russo Silvia

Lezione 011

01. Sequenze ripetute

Sequenze ripetute: come sono state scoperte, descrivi le diverse classi

02. DNA eucariotico

Come viene classificato il DNA Eucariotico?

03. Proteine istoniche e nucleosoma

Descrivi quali sono le principali proteine istoniche e quale ruolo hanno nel nucleosoma. Basandosi su quanto hai studiato spiega quali sono gli istoni più conservati. Infine spiega perché sono importanti le code istoniche e cos'è il CODICE ISTONICO

04. Pseudogeni

Spiega che cosa gli pseudogeni e come si originano

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SCIENZE BIOLOGICHE

Docente: Russo Silvia

Lezione 013

01. Polimerasi e proofreading

Quale Polimerasi ha proprietà proofreading, in che cosa consiste?

02. Processività della DNA polimerasi

Cosa si intende per processività della DNA polimerasi? Indica le processività dei diversi enzimi

03. Esperimento replica plating

Spiega in cosa consiste l'esperimento "replica plating"

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SCIENZE BIOLOGICHE

Docente: Russo Silvia

Lezione 014

01. Acetilazione degli istoni

L'acetilazione degli istoni gioca un ruolo biologico fondamentale nella maggior parte dei processi coinvolti nella regolazione della trascrizione. I principali enzimi coinvolti:

  • Le acetiltransferasi, che si dividono in 4 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT), e le istondeacetilasi, che si dividono in gruppo A e B. Le istondeacetilasi (HDAC) catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di lisina ed utilizzano come cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva dell'arginina e indebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B si distinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoni liberi nel citoplasma. Le acetiltransferasi svolgono la funzione opposta di ristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classe III richiede uno specifico cofattore NAD+
  • Le acetiltransferasi, che si dividono in 2 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT) A e B, e le istondeacetilasi. Le acetiltransferasi catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di un'arginina ed utilizzano come cofattore NAD+. Ciò neutralizza la carica positiva della lisina e indebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B si distinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoni liberi nel citoplasma. Le istondeacetilasi (HDAC) svolgono la funzione opposta di ristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classe III richiede uno specifico cofattore Coenzima A
  • Le istondeacetilasi (HDAC) che si dividono in 2 diversi gruppi A e B, e le acetiltransferasi. Le istondeacetilasi catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di lisina ed utilizzano come cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva della lisina e indebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B si distinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoni liberi nel citoplasma. Le acetiltransferasi, svolgono la funzione opposta di ristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classe III richiede uno specifico cofattore NAD+
  • Le acetiltransferasi, che si dividono in 2 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT) A e B, e le istondeacetilasi. Le acetiltransferasi catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di lisina ed utilizzano come cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva della lisina e
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Scienze biologiche BIO/11 Biologia molecolare

I contenuti di questa pagina costituiscono rielaborazioni personali del Publisher dominikks di informazioni apprese con la frequenza delle lezioni di Biologia molecolare e studio autonomo di eventuali libri di riferimento in preparazione dell'esame finale o della tesi. Non devono intendersi come materiale ufficiale dell'università Università telematica "e-Campus" di Novedrate (CO) o del prof Russo Silvia.

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