Scienze, tecniche di microbiologia

Scienze tecniche di microbiologia

Classificazione microrganismi per gruppo di rischio

• Nessun rischio o basso
• Rischio individuale, basso rischio collettivo
• Elevato individuale, basso collettivo
• Elevato individuale e collettivo

Livello di sicurezza e cappa

• Base, per insegnamento e ricerca, banco da lavoro
• DPI + cappe per procedure che producono aerosol
• DPI speciali + cappe per tutte le procedure
• Patogeni pericolosi + doccia decontaminazione + cappe livello III

Cappa chimica e biologica

Cappa chimica: con filtri di carbonio che neutralizzano sostanze nocive, usato per reagenti o soluzioni chimiche pericolose.

Cappa biologica: per tutelare il lavoratore dal campione e protegge il campione da decontaminazione (con aerosol).

Emocoltura

Presenza di batteri in circolo sanguigno, per cui deve essere disinfettata la cute altrimenti l’ago in contatto con i batteri della cute preleva anche quelli (che non sono presenti nel sangue) e danno un falso positivo nella capsula → contaminazione.

Simboli di pericolo

• Tossico, causa danni acuti o cronici a organismi
• Ossidante, rilascia ossigeno che accelera combustione
• Corrosivo, sostanza chimica che altera tessuti organici
• Infiammabile, si infiamma facilmente
• Esplosivo, esplode facilmente
• Irritante o nocivo, effetto infiammatorio su tessuti attraverso contatto
• Biohazard, il rischio biologico

Dispositivi di protezione individuale: DPI

Diagnosi di laboratorio

• Analisi di laboratorio → flusso di dati → interpretazione medico base → trattamento e diagnosi → riguardano analisi risultati

Diagnosi microbiologica

• Identificazione agente infettante, prelievo dei campioni, prima della terapia antibiotica. Trasporto campioni in laboratorio deve avvenire per tempo e condizioni da non alterare caratteristiche del materiale patologico (es. In urina si riproducono batteri e cambiano condizioni)
• Determinazione sensibilità agli antibiotici

Diagnosi batteriologica

• Raccolta campione e prelievo (urinocoltura, emocoltura, coprocoltura, liquor, tamponi)
• Esame microscopico: osservazione a fresco, colorazione dei Gram, colorazione di ziehl-Neelsen (per micobatteri alcol acido resistenti)

Colorazione Gram

Gram+ si colora con il primo, cristalvioletto, che permane perché la parete è più spessa, mentre i Gram- si decolorano con l'alcol per poi colorarsi di safranina (se si decolora per troppo tempo i Gram+ diventano -), lo iodio è un mordensante e serve per rafforzare il colore.

Urinocoltura

Prelievo con prima pulizia locale ed eliminare il primo getto prendendo il mitto intermedio. Diluisco urina e la metto in piastra su terreni selettivi e differenziali; in base ai valori sappiamo se c’è infezione o meno e possiamo poi identificare i batteri presenti.

Terreni

• Di arricchimento: mi permette di far crescere qualsiasi specie batterica
• Selettivo: inibiscono alcuni tipi di batteri e ne favoriscono altri
• Differenziali: in una specie abbiamo + tipi di batteri, possiamo selezionarli

Tappo svitato e porzione bianca immersa (contenente terreno) → incubare a 37°C x 24h e si ha formazione di colonie (se è sterile no colonia). Davanti terreno CLED Agar, selettivo x specie presenti in urine. Dietro terreno MacConkey Agar x Gram-.

Abbiamo anse di diverse dimensioni:

• Piccola, prende meno materiale ma faccio una semina + distribuita e selettiva
• Grande, da usare con materiali poco concentrati e prende + campione

In urinocoltura bisogna fare anche indagine macroscopica quindi:

• Trasparenza e torbidità delle urine (con proteine e gr)
• Colore (giallo/giallo chiaro/ambra→ittero o altre patologie/rosso o marrone→emolisi gr)

Emocoltura

Ricerca dei batteri presenti nel sangue → va fatta prima della terapia antibiotica e prima del rialzo febbrile. Solitamente si fanno 3 set di emocoltura, se solo 1 flacone è positivo indica presenza di un contaminante, se + emocolture sono positive → infezione del torrente circolatorio. 3 set ottimizzano la sensibilità: vengono usate delle bottiglie per l’emocoltura + sostanze in esse.

Bottiglie

• Azzurro/verde acqua x evidenziare aerobi
• Rosso x crescita anaerobi → il batterio produce CO2 misurata da sensore presente nella macchina, quando si ha positività si prende il campione e si fa la semina su piastra → si identifica colonia e si fa antibiogramma

Sostanze in esse

• Anticoagulanti, altrimenti si formano coaguli e i batteri sono intrappolati in esso e non crescono
• Carbone attivo x pazienti in terapia antibiotica e lo assorbe consentendo recupero di microrganismi

I flaconi principali sono i BacT/ALERT → volume preso è di 30/40 mL x adulti → 20 mL per i bambini, essendo + piccoli e avendo minor volume di sangue. In caso di crescita batterica, l’aumento della concentrazione di CO2 provoca variazione di pH (si abbassa, acido) → cambia colore dell’indicatore → BACT ALERT.

Microrganismi indicativi di batteriemia sono: Staphilococcus, Listeria, Bacillus, Pseudomonas, Brucella, E. coli.

Per aumentare probabilità di isolamento bisogna:

• Fare prelievo prima del rialzo febbrile
• Eseguire prelievi ripetuti nel corso della giornata (almeno 3)
• Inoculare 2 bottiglie x aerobi e anaerobi (+1 x miceti negli immunocompromessi)

Quando la bottiglia suona positiva si fa coltura, dalla bottiglia, nel terreno si estrae una goccia e si esegue striscio. Abbiamo 2 tipi di bottiglie:

Bottiglie

• Aerobia x Gram → si semina in: blood Agar, Chocolate Agar Co2, MacConkey Agar
• Anaerobia x colorazione Gram → si semina in blood Agar → si ottiene colonia batterica (clone di tante cellule batteriche facenti parte della stessa specie batterica) su cui si fa test (es. antibiogramma, serve colonia singola e pura)

Diagnosi di laboratorio

Eseguito in laboratorio, la qualità richiede monitorazione e azione correttiva del ciclo.

Coprocoltura

Ricerca di germi e batteri nelle feci:

• Consistenza feci (7: da palline, a salsiccia, a liquida → diarrea)

La normale flora contenuta nel tratto gastro intestinale contiene:

• Gram- (E. Coli, enterobatteri, pseudomonas, ecc)
• Gram+ (clostridia, lactobacilli, enterococci, ecc)

Per i batteri aerobi si fa coltura con Agar

• XLD Agar per Salmonella e SHigella
• TCBS Agar per cholera
• MacConkey per Yersinia enterocolitica
• Campylobacter cultur media per Campylobacter specie

Liquor (LCR)

Liquido sterile → prelievo: puntura lombare con trasporto immediato, no refrigerazione (sennò uccide Nesserie) → se liquido è denso è ricco di cellule o proteine.

Se cerchiamo batteri → temperatura ambiente

Se cerchiamo virus → temperatura refrigerata a 4°C (si inibisce crescita batterica)

Infezione virale aumentano linfociti. Infezione batterica aumentano neutrofili.

Tampone vaginale e uretrale

Prelievo: 3 tamponi dall’ambiente vaginale prima della minzione

• Per esame microscopico a fresco (protozoi e funghi)
• Per esame microscopico con colorazione
• Per esame colturale

Altri tamponi

• Tampone nasale x ricerca S. Aureus
• Tampone faringeo x Streptococcus, Staphylococcus, Candida, ecc
• Tampone rinofaringeo: prelievo con tampone sottile montato su un filo di alluminio attraverso narice x Mycolplasma, neisseria, S. aureus, ecc
• Tampone auricolare x otiti