Appunti Microbiologia clinica

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Sommario

MALATTIE INFETTIVE SNC ............................................................................................................................. 2

INFEZIONI DEL SNC: EZIOLOGIA E DIAGNOSI ................................................................................................. 3

MENINGITI: ................................................................................................................................................ 3

ENCEFALITE: ............................................................................................................................................... 4

MENINGITI A LIQUOR LIMPIDO: EZIOLOGIA E DIAGNOSI .................................................................................. 4

MENINGITI A LIQUOR TORBIDO (MENINGITE PURULENTE) ............................................................................... 5

➢ MENINGITE DA PNEUMOCOCCO: ......................................................................................................... 6

➢ MENINGITE DA MENINGOCOCCO: ........................................................................................................ 6

➢ MENINGITE DA HAEMOPHILUS: ........................................................................................................... 6

VACCINO MENINGITE .................................................................................................................................. 7

PRIONI ....................................................................................................................................................... 7

EZIOLOGIA ASCESSO CEREBRALE ................................................................................................................... 7

SINDROME DI GUILLAIN-BARRÉ: ................................................................................................................... 8

NEUROPATIA POST-ERPETICA: ...................................................................................................................... 8

UTI = INFEZIONE TRATTO URINARIO ............................................................................................................ 9

MECCANISMI FISIOLOGICI DI DIFESA DELLE UTI. .............................................................................................. 9

Q UTI ....................... 9

UALI SONO I COSTITUENTI PRINCIPALI DELLA FLORA COMMENSALE E QUALI SONO I PRINCIPALI PATOGENI DELLE

FLORA MICROBICA COMMENSALE E PATOGENA DEL TRATTO URINARIO ............................................................. 9

MICROBIOTA RESIDENTE URETRA DISTALE ..................................................................................................... 9

MICRORGANISMI PATOGENI UTI .................................................................................................................. 10

ESAMI DI LABORATORIO UTI ....................................................................................................................... 10

EZIOLOGIA VULVOVAGINITI (=VAGINITI) E VAGINOSI .................................................................................... 11

INFEZIONI GENITALI ................................................................................................................................ 12

EZIOLOGIA E DIAGNOSI DELLE INFEZIONI GENITALI ....................................................................................... 12

APPARATO GASTRO INTERSTINALE ............................................................................................................ 13

DEFINIZIONE DI MICROBIOTA RESIDENTE E FUNZIONI E RUOLO FISIOLOGICO .................................................. 13

FUNZIONI MICROBIOTA ......................................................................................................................... 13

P INFEZIONI GASTROINTESTINALI MONDO OCCIDENTALE

RINCIPALI AGENTI MICROBIOLOGICI DI NEL E DIAGNOSI

.......................................................................................................................................... 14

MICROBIOLOGICA

PECULIARITA’ DEI PRINCIPALI RESPONSABILI DI MANIFESTAZIONI ENTERICHE ................................................. 14

DIAGNOSI INFEZIONI GASTRO-INTESTINALI .............................................................................................. 15

AGENTI EZIOLOGICI DI GASTROENTERITI IN PAESI IN VIA DI SVILUPPO: ...................................................... 16

CLOSTRIDIOIDES DIFFICILE E PROBLEMATICHE AD ESSO CORRELATE ............................................................... 16

PRICIPALI CARATTERISTICHE E DIAGNOSI DEI PARASSITI INTESTINALI ........................................................ 16

ICA ....................................................................................................................................................... 17

INFEZIONI NOSOCOMIALI E PRINCIPALI PATOGENI RESPONSABILI (DEFINIZIONE DI ICA) ................................... 17

RUOLO DEI MICRORGANISMI SENTINELLA NELLE INFEZIONI CORRELATE ALL’ASSISTENZA (ICA) ......................... 18

I PRINCIPALI PATOGENI responsabili di infezioni nosocomiali sono: ............................................................. 18

STAPHILOCOCCUS AUREUS E PROBLEMATICHE CORRELATE ........................................................................... 19

S (S. , S. , S. ) ............................................. 19

TAPHILOCOCCHI COAGULASI NEGATIVI EPIDERMIDIS SAPROPHYTICUS HAEMOLYTICUS

E : ................................................................................................................................ 19

NTEROCOCCUS FAECIUM 1

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E ESBL+ ................................................................................................................................... 19

NTEROBATTERI

KLEBSIELLA PNEUMONIAE E PROBLEMATICHE AD ESSO ASSOCIATE ................................................................ 19

PSEUDOMONAS AERUGINOSA, PATOLOGIE E COMPLICAZIONI ...................................................................... 20

A : ............................................................................................................................ 20

CINETOBACTER BAUMANNII

ANTIBIOGRAMMA: METODI E IMPORTANZA DELL’ANTIBIOGRAMMA ............................................................. 21

C AMBLER - P - : .............................................................................. 21

LASSIFICAZIONE DI RINCIPALI CLASSI DI Β LATTAMASI

APPARATO CARDIOCIRCOLATORIO ............................................................................................................ 22

MECCANISMI O CAUSE DI INGRESSO DEI PATOGENI NEL SANGUE ................................................................... 22

FATTORI DI RISCHIO DELLA SEPSI .................................................................................................................. 23

EZIOLOGIA SEPSI: ....................................................................................................................................... 23

I PATOGENESI DELLA SEPSI .............................................................................. 23

L RUOLO DEI MICRORGANISMI NELLA

Patogenesi della sepsi da GRAM-: .......................................................................................................... 24

Patogenesi da GRAM+ e MiceC: ............................................................................................................. 25

SEPSI SECONDARIE ED ALCUNI ESEMPI ........................................................................................................ 25

DIAGNOSI DI SEPSI: .................................................................................................................................... 26

EMOCOLTURA: VANTAGGI E LIMITI ............................................................................................................. 26

TRASMISSIONE VERTICALE .............................................................. 27

E AGENTI MICROBIOLOGICI PIÙ RAPPRESENTATIVI

F ENDOCARDITE, , . ............ 27

ATTORI DI RISCHIO SPECIFICI PER AGENTI MICROBIOLOGICI PIÙ FREQUENTI DIAGNOSI MICROBIOLOGICA

APPARATO RESPIRATORIO ....................................................................................................................... 28

VIE RESPIRATORIE: DIFESE, FLORA RESIDENTE E PATOGENI ............................................................................ 28

FARINGOTONSILLITI: I 3 .............................................................................. 29

MICRORGANISMI PIÙ FREQUENTI SONO

M RINITI, SINUSITI E BRONCHITI ........................................................................... 29

ICRORGANISMI RESPONSABILI DI

POLMONITI .............................................................................................................................................. 30

AgenC eziologici delle POLMONITI ALVEOLARI ........................................................................................ 30

AgenC eziologici delle POLMONITI INTERSTIZIALI .................................................................................... 30

ASCESSO POLMONARE ............................................................................................................................... 31

DIAGNOSI INFEZIONE POLMONARE ACUTA ............................................................................................. 31

I LEGIONELLOSI .................................................................................................................... 31

TER DIAGNOSTICO

DIAGNOSI TUBERCOLOSI (INFEZIONE RESPIRATORIA CRONICA) ....................................................................... 32

MALATTIE INFETTIVE SNC

A seconda del distre.o del SNC, possiamo dis5nguere:

• MENINGITI (sono interessate le leptomeningi: la pia madre, l’aracnoide e il liquor).

L’eziologia può essere: ba.erica, virale, funginea e protozoaria e parassitaria.

Sulla base delle cara.eris5che del liquor è possibile dis5nguerle mingi2 a liquor torbido (date da

à

S.Pneumoniae, N.Meningi5dis e H. Influen5ae) e meningi2 a liquor limpido (da virus, segui5 da ba.eri,

funghi e parassi5)

• MENINGOENCEFALITE (interessamento dell’encefalo e delle leptomeningi)

• ENCEFALITE: hanno sopra.u.o una causa virale (es HSV1).

• MIELITI (se c’è interessamento del midollo spinale)

• ENCEFALOMIELITI

• RADICOLITI

• NEURITI

• FORMAZIONE DI UN ASCESSO (infezione purulenta focale occupante spazio)

VIA DI TRASMISSIONE: microrganismi possono raggiungere il SNC a.raverso diverse vie: 2

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VIA EMATICA: (per disseminazione ematogena del microrganismo): il m.o. può a.raversare la barriera

- infe.ando le cellule endoteliali (CMV) oppure usando come trasportatori le cellule del sistema

immunitario come linfoci5 e macrofagi (HIV). Esempi di patogeni sono: N. meningi)dis, Poliovirus,

Cryptococcus.

VIA NERVOSA: il virus entra tramite le terminazioni periferiche e risale il nervo in senso centripeto

- (herpesvirus e il virus della rabbia) lungo i nervi fino all’encefalo. Lo stesso meccanismo viene sfru.ato

anche da alcune amebe (Acanthamoeba e Naegleria) le quali si trovano negli ambien5 acquosi, penetrano

a livello nasale per inalazione di aerosol e possono risalire il nervo olfaSvo fino al SNC.

PER CONTAMINAZIONE DIRETTA secondaria a traumi, posizionamento di drenaggi o interven5 di

- neurochirurgia, cateteri etc (Staphilococchi cutanei)

PER CONTIGUITÀ (da focolai infeSvi presen5 in cavità craniche come sinusi5, o55 o mastoidi5)

-

Il SNC presenta diversi SISTEMI DI PROTEZIONE EFFICACI (difficili da superare sia da parte dei microrganismi

che da parte dei farmaci)

scatola cranica

- BARRIERA EMATO-ENCEFALICA: formata da endotelio capillare non fenestrato connesso gli astroci5

- mediante giunzioni serrate; se viene superata si va in contro ad encefalite (più rara rispe.o alla

meningite).

BARRIERA EMATO-LIQUORALE: formata da endotelio fenestrato connesso all’endotelio del plesso

- corioideo, quindi, è più facile da superare rispe.o alla precedente, mo5vo per cui si hanno più casi di

meningite che di encefalite.

Durante le infezioni e infiammazioni la permeabilità di queste membrane aumenta.

INFEZIONI DEL SNC: EZIOLOGIA e DIAGNOSI

MENINGITI:

sono interessate le leptomeningi (la pia madre, l’aracnoide e il liquor).

L’eziologia può essere: ba.erica, virale, funginea e protozoaria e parassitaria.

à

Sulla base delle cara.eris5che del liquor è possibile dis5nguerle mingi5 a liquor torbido (date da

S.Pneumoniae, N.Meningi5dis e H. Influen5ae) e meningi5 a liquor limpido (da virus, segui5 da ba.eri, funghi

e protozoi)

AGENTI EZIOLOGICI:

BATTERI: i più frequen5 responsabili di meningi5 purelente sono Neisseria meningi2dis, Streptococcus

- pneumoniae, Haemophilus influen2ae B; altri agen5 sono Listeria monocytogenes, Streptococcus

agalac2ae ed E Coli K1 con infezioni perinatali. Le meningite subacute sono causate da Micobacterium

tubercolosis, Brucella melitensis, Treponema pallidum, Leptospira interrogans, Borrelia burgdorferi.

VIRALI: HSV, HIV (sopratu.odurante l’infezione primaria), virus Paro5te, Arbovirus come West Nile, Virus

- Toscana, Enterovirus (Coxsackie, Echovirus, Enterovirus, Poliovirus), CMV, VZV.

FUNGINI Cryptococcus neoformans (infezione 5pica dei soggeS immunodepressi)

-

DIAGNOSI MICROBIOLOGICA DELLE MENINGITI:

PCR: ricerca dell’acido nucleico. Può essere svolta sia su liquor, sia su altri campioni (tampone naso-

- faringeo in caso di Enterovirus o virus della Paro)te).

Emocultura: in caso di sospe.a ba.eriemia e sepsi (u5lizzato per TBC e Cryptococcus); poco usata per

- l’eziologia virale (alcuni virus riescono a crescere in coltura ma l’esame è lungo e complesso).

Tampone naso-faringeo: in caso di Meningococco, per valutare lo status di portatore.

- ANALISI DEL LIQUOR: prelevato con rachicentesi. Il liquor si può presentare:

- fisiologiamente: nel liquor troviamo pleiocitosi moderata (0,1 cellule/mL, prevalentemente linfoci5).

o Torbido: spiccata pleiocitosi neutrofila, riduzione del contenuto di glucosio e aumento moderato delle

o proteine. Il liquor torpido è frequente delle meningi5 ba.erica. In questo caso si procede con:

Esame microscopico: con diverse colorazioni (Gram, inchiostro di china, blu di me5lene).

§ Ricerca degli an2geni: con immunocromatografia e film array

§ Esame colturale: si procede con isolamento, iden5ficazione e an5biogramma.

§ 3

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Limpido: pleiocitosi moderata, pre.amente linfocitaria. Nel caso di infezione ba.erica si può avere

o riduzione di glucosio, se l’eziologia è virale questo rimane invariato. Le proteine aumentano in modo

spiccato in caso di TBC o infezione fungina, restano normali in caso di infezione virale.

Ricerca an2corpale su liquor: viene confrontato con il siero, le Ig sono normalmente assen5, può essere

- evidenziata la produzione intertecale.

Ricerca an2corpale su siero: viene svolta su 2 sieri, uno acuto e uno convalescente.

- Ricerca di an2geni fungini

- Esame microscopico: ricerca delle spore (con fluorescenza) o colorazione Ziehl-Neelsen per ricerca del

- M. tubercolosis.

QUANTIFERON e ELISpot specifiche per TBC

-

ENCEFALITE:

processo infiammatorio a carico del parenchima, più rara rispe.o alla meningite perchè la barriera emato-

encefalica è più difficile da superare.

Il paziente presenta febbre, cefalea, sonnolenza, alterazioni del sensorio e del comportamento, stato

comatoso e talvolta interessamento meningeo.

AGENTI EZIOLOGICI:

VIRUS: causa più frequente (EZIOLOGIA ENCEFALITI VIRALI)

- Herpersvirus: HSV1 (1° causa di encefalite con decorso sub-acuto, interessa principalmente i lobi

o temporali per risalita dal ganglio di Gasser, con distruzione del parenchima e formazione di infiltrato

responsabile di crisi epileSche), VZV, CMV, EBV e HHV6.

ARBOVIRUS: West-Nile (famiglia dei Flaviviridae responsabile di forme neuroinvasive), Virus Toscana

o VIRUS DELLA RABBIA: mortale nel 100% dei casi, prevenuta con vaccino. Il reservoir è dato da pipistrelli

o frugivori e inseSvori. È rimasta come rabbia silvestre, a carico degli animali selva)ci provenien)

dall’Est Europa.

VIRUS DELLA PAROTITE (può anche dare meningite)

o ENTEROVIRUS

o HIV: può provocare il quadro di AIDS-Demen5a-Complex

o VIRUS DEL MORBILLO: complicanza mortale panencefalite sclerosante subacuta

o POLIOMAVIRUS JC: responsabile di leucoencefalopia5a mul5focale progressiva.

o

PROTOZOI: Entamoeba histoly2ca, Acanthamoeba, Plasmodio della Malaria (si presenta con

- parassitemia elevata, sp. nei bambini), Toxoplasma (la forma cerebrale è associata a riaSvazione nei

soggeS immunodepressi, si presenta con andamento subacuto e ascessi).

BATTERI: TREPONEMA PALLIDUM e BORRELIA.

- ENCEFALITE DA PRIONI

-

DIAGNOSI MICROBIOLOGICA DELLE ENCEFALITI:

ANTE-MORTEM:

- DIRETTA viene eseguita su diversi campioni: liquor (anche se è meno indica5vo), saliva, urina,

o tampone faringeo o biopsia cerebrale (raramente u5lizzata). La ricerca di virus viene eseguita con

PCR o immunofluorescenza; per gli altri patogeni si può eseguire anche microscopia o isolamento

culturale (possibile anche per alcuni virus).

INDIRETTA: ricerca di an5corpi su siero o liquor.

o

POST-MORTEM: si fa sul tessuto cerebrale, con PCR o immunofluorescenza.

-

In caso di impossibilità di diagnosi e non miglioramento con terapia empirica è necessario effe.uare biopsia

cerebrale ed effe.uare su questa esame istopatologico e microbiologico. È inoltre importante la diagnosi

sierologica e il confronto tra 5tolo an5corpale del liquor e quello del siero.

MENINGITI A LIQUOR LIMPIDO: EZIOLOGIA E DIAGNOSI

AGENTI EZIOLOGICI: 4

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VIRUS: sono i maggiori responsabili, la sintomatologia tende ad essere meno grave e la patologia può

- anche essere autolimitante. Il liquor è trasparente e si presenta con lieve pleiocitosi linfocitaria, mentre

glucosio e proteine restano nella norma. I virus raggiungono solitamente le meningi per via ema2ca. La

sintomatologia è la classica da meningite (febbre, cefalea, rigidità nucale, fotofobia, deficit neurologici,

fino ad episodi di epilessi