In quest´opera Leonardo rappresenta le emozioni dei protagonisti della storia, Gesù e gli Apostoli. Sappiamo che per il pittore è molto importante illustrare i ”moti dell'animo”: nel suo Trattato della Pittura scrive che il bravo pittore deve saper rappresentare non solo l'aspetto esteriore dell'uomo ma anche i suoi pensieri, le sue emozioni; la prima cosa non è difficile da fare, ma la seconda sì, perché pensieri ed emozioni si devono rendere con i gesti e gli atteggiamenti (Lo bono pittore ha da dipingere due cose principali, cioè l’homo e il concetto della mente sua. Il primo è facile, il secondo difficile perché s’ha a figurare con gesti e movimenti delle membra).
Per questo motivo Leonardo decide di rappresentare il momento successivo alle parole di Gesù "Uno di voi mi tradirà".
È il momento più drammatico della Cena: ogni apostolo si domanda e domanda agli altri chi può essere il traditore. Leonardo si concentra sull'effetto che le parole di Gesù provocano sugli apostoli, sulla loro reazione: proprio per questo cambia il modo di rappresentare la scena rispetto agli artisti precedenti.