Le ambizioni teocratiche del papato si infransero nel 1303 con la morte di Bonifacio, il papa che nella bolla Unam Sanctam aveva enunciato nel 1302 il principio di assoluta sovranità del pontefice.
L'indebolimento del potere pontificio fu immediatamente evidente, così come l'asservimento della Chiesa alla monarchia francese, uscita vittoriosa dallo scontro tra Bonifacio e Filippo il Bello.
Nel 1309 infatti fu eletto un papa francese, Clemente V, che spostò la sede pontificia da Roma ad Avignone. I pontefici che si susseguirono dal 1309 al 1377 furono tutti francesi e facenti parte di quella che viene chiamata “cattività avignonese”. I pontefici non solo rinunciarono ad esercitare la propria autorità nelle questioni politiche dell'Occidente, ma non riuscirono neppure a coalizzare la Cristianità nella lotto contro l'avanzata dei Turchi ottomani
Per cercare di riprendere il controllo sullo Stato della Chiesa nel 1337 papa Gregorio XI decise di fare rientro a Roma, accogliendo anche le suppliche che gli rivolgevano in tal senso intellettuali e religiosi come Francesco Petrarca e Caterina da Siena.

La popolazione romana, dopo la lunga assenza della corte pontificia dall'Urbe, premeva per ottenere un papa italiano. Sotto la minaccia di tumulti, i cardinali riuniti in conclave deciso pertanto di eleggere il vescovo di Bari, che prenderà il nome di Urbano VI, ben presto però il suo temperamento autoritario spinse la maggior parte degli alti prelati a invalidare l'elezione e a nominare al posto di Urbano VI il cardinale di Ginevra, Clemente VII (1° antipapa), che trasferì nuovamente la sede papale ad Avignone.
Da quel momento la cristianità si divise in due, con due papi a contendersi la carica, si apriva così il grande scisma, o scisma d'Occidente, che si protrasse dal 1378 al 1417.
Anche dopo la morte di Urbano VI e di Clemente VII, a Roma e ad Avignone si continuarono a nominare autonomamente nuovi papi, finché, per porre termine alle divisioni si tentò la via di un concilio ecumenico: l'intero mondo cattolico si sarebbe riunito e avrebbe confermato uno solo dei due pontefici. Si trattava di una soluzione rivoluzionaria, poiché significava porre l'autorità di un'assemblea di teologi, cardinali e vescovi al di sopra di quella papale.
Nel 1409 a Pisa si radunò un gruppo di cardinali che dichiararono decaduti entrambi i pontefici in carica e ne elessero un altro, Alessandro V, ma tale decisione su respinta dai due papi, che mantennero la carica, con l'aggiunta però di un 2° antipapa.
Sarà il concilio di Costanza (1414-1418) a chiudere lo scisma deponendo i tre papi ed eleggendo al loro posto Martino V.

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