Proteo batteri ne fanno parte molti generi piuttosto comuni che sono suddivisi in sotto gruppi in base ad alcune caratteristiche comuni (soprattutto di natura metabolica); questi sotto gruppi sono indicati con le lettere dell’alfabeto greco.
- Sottogruppo alfa: specie dei generi rhizobium e agrobacterium.
- sottogruppo gamma:comprende i batteri foto sintetici tra cui i solfo batteri e comprende anche molte specie patogene, in grado di prolificare negli apparati digerenti degli animali, come le specie del genere Salmonella, Vibrio colera, Escherchia coli ed Yersinia persis (peste).
- Proteo batteri delta: comprendono i Myxobatteri e i Bdellovibrio.
Il gruppo epsilon comprende il genere Elicobatter (provoca gastriti ed ulcere).
Clamidie : è il 2° gruppo degli Eubatteri, comprende batteri di dimensioni ridotte e privi di alcuni enzimi fondamentali; questi vivono da parassiti dentro cellule eucariote. Un esempio è il Chlamydia trachomatis (provoca il tracoma).

Spirochete: sono batteri elicodali che si muovono con movimento a spirale, grazie a filamenti interni rotanti. Alcune di esse sono agenti patogeni come il Treponema pallidum (provoca la sifilide) e anche il Borrelia burgdorferi (provoca la malattia del lyme)
Batteri- gram positivi: un suo sottogruppo è quello degli attinomiceti , costituito da batteri che formano catene ramificate di cellule; molto comuni nel suolo dove decompongono la materia organica.
Fra i batteri gram-positivi ci sono anche molte specie solitari come Bacillus antraci, organismi coloniali come Staphylococcus e Streptococcus(agenti patogeni degli esseri umani) e i Microplasmi, gruppo particolare di batteri parassiti di piante e animali; sono simili ai gram-positivi, anche se non hanno la parete cellulare. Sono le più piccole cellule conosciute con diametro di 0.1 micrometri. Un altro batterio patogeno gram-positivo è Clostridium botulinum.
Ciano batteri: sono gli unici procarioti a svolgere la fotosintesi in modo simile alle piante, producendo ossigeno a partire da acqua e di ossido di carbonio. Sono i ° produttori primari degli ecosistemi acquatici e producono molte sostanze nutritive in mari oceani laghi e fiumi.

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